Heatplot/enrichGO，倍数变化显示和基因顺序

Question

您好，我正在研究enrichPlot GO过度表示测试（在R中）中提供的热图函数。 我想知道是否可以获得以下问题的帮助：

1. “foldChange=geneList”规范中的“geneList”应该采用什么格式？我只能得到黑白结果，而不能得到颜色缩放的结果 - 当我尝试添加 DE 基因列表（在我的例子中为“fpkm_allGDE_up_345$Ens_ID_merge”）时，我收到消息：“错误：提供给连续的离散值”规模'。 它仅在我设置“foldChange=fpkm_allGDE_up$FOLD_CHANGE”时有效，但随后没有色标。

2. 是否可以在 x 轴上对基因进行排序，以便与更多 GO 术语（指定的）相关的基因排在第一位？

这是我尝试过的：

egoall_up <- enrichGO(gene          = fpkm_allGDE_up_345$Ens_ID_merge, #DEgenes_posttreatment
                      universe      = fpkm_allG_345$Ens_ID_merge,       #all genes expressed 
                      keyType       = "ENSEMBL",
                      OrgDb         = org.Hs.eg.db,
                      ont           = "ALL",
                      pAdjustMethod = "BH",
                      pvalueCutoff  = 0.01,
                      qvalueCutoff  = 0.05,
                      readable      = TRUE)

>heatplot(egoall_up, foldChange=fpkm_allGDE_up$FOLD_CHANGE, 
            showCategory=10)

head(fpkm_allGDE_up)

Answer 1

不确定您是否已经弄清楚了这一点，但我遇到了同样的问题。对我有用的是将我的“geneList”更改为命名的数字向量。

为此，我从数据框中获取了基因名称和折叠变化值，并使用了“setNames”函数。

即 基因列表<- setNames(mydf$foldchange, mydf$Genes)

当你将其放入 heatplot() 函数中时，它就像一个魅力！