在 `factoextra` `PCA` 中，如何添加 `max.overlaps` 参数

Question

在

factoextra

PCA

中，如何添加

max.overlaps

参数？ 就像向 PAC 输入 max.overlaps=100 会失败：

library(factoextra)
library(FactoMineR)
library(tidyverse)

PCA(decathlon2[,- ncol(decathlon2)])

在我的实际示例中，我在

PCA

中遇到了以下消息，所以我认为将

max.overlaps

添加到PCA函数中。

实际数据更难重现。

ggrepel: 15 unlabeled data points (too many overlaps). Consider increasing max.overlaps 

Answer 1

我没有看到任何（简单）选项来设置

max.overlaps

。首先，无法将

max.overlaps

传递给默认的

plot.PCA

方法。相反，

plot.PCA

使用

geom_text_repel

中的默认值。其次，当您调用

PCA

时，默认情况下会打印绘图但不会返回。因此，没有简单的方法可以通过操作 ggplot 对象来设置

max.overlaps

。

相反，我建议设置

graph=FALSE

并使用例如

fviz_pca_ind

和

fviz_pca_var

来自

factoextra

创建绘图。虽然这些函数也不允许设置

max.overlaps

，但它们默认为

max.overlaps=Inf

。如果需要，它们允许进一步操作 ggplot 对象。

library(factoextra)
library(FactoMineR)

pca <- PCA(decathlon2[, -ncol(decathlon2)], graph = FALSE)

fviz_pca_ind(pca, repel = TRUE)

fviz_pca_var(pca, repel = TRUE)