用迭代求解器库-QUAD PRECINY未启用AppTainer构建问题 IM试图构建一个包含LIS库的构建的容器（带有Apptainer）。这是我的脚本： Bootstrap：Docker 来自：Ubuntu：22.04 ％环境 导出intel_mpi_dir =“/tmp/

问题描述 投票：0回答：1
Bootstrap: docker From: ubuntu:22.04 %environment export INTEL_MPI_DIR="/tmp/intel" export INCLUDE_DIR="$INTEL_MPI_DIR/include" export LIB_DIR="$INTEL_MPI_DIR/lib" %post -c /bin/bash export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive export TZ=Etc/UTC # Install necessary dependencies apt update && apt upgrade -y apt install -y build-essential wget gfortran cmake unzip gcc g++ libgcc-10-dev libx11-dev libxext-dev libxft-dev libxmu-dev libboost-all-dev libquadmath0 source /tmp/intel/oneapi/setvars.sh wget https://www.ssisc.org/lis/dl/lis-2.1.7.zip -O /tmp/lis-2.1.7.zip unzip /tmp/lis-2.1.7.zip -d /tmp/ cd /tmp/lis-2.1.7 ./configure --prefix=/usr/local --enable-f90 --enable-mpi --enable-shared --enable-saamg --enable-quad --enable-sse2 --enable-fma 'CFLAGS=-O3 -march=x86-64 -mtune=generic -frounding-math -fsignaling-nans' 'FCFLAGS=-O3 -march=x86-64 -mtune=generic -frounding-math -fsignaling-nans' make make check make install
使用

建造的

(base) bash-4.4$ apptainer build --bind /opt/intel:/tmp/intel min_example.sif min_example.def 
im在Quad Precision（我需要的）中遇到特定问题。当它到达构建的制作检查部分时

=== Running test test.sh
 
checking linear solvers...

number of processes = 2
matrix size = 100 x 100 (460 nonzero entries)

initial vector x      : all components set to 0
precision             : double
linear solver         : BiCG
preconditioner        : none
convergence condition : ||b-Ax||_2 <= 1.0e-12 * ||b-Ax_0||_2
matrix storage format : CSR
linear solver status  : normal end

BiCG: number of iterations = 15
BiCG:   double             = 15
BiCG:   quad               = 0
BiCG: elapsed time         = 1.502484e-04 sec.
BiCG:   preconditioner     = 1.370907e-06 sec.
BiCG:     matrix creation  = 2.086163e-07 sec.
BiCG:   linear solver      = 1.488775e-04 sec.
BiCG: relative residual    = 2.035749e-16

checking eigensolvers...

number of processes = 2
matrix size = 100 x 100 (460 nonzero entries)

initial vector x      : all components set to 1
precision             : double
eigensolver           : CR
convergence condition : ||lx-(B^-1)Ax||_2 <= 1.0e-12 * ||lx||_2
matrix storage format : CSR
shift                 : 0.000000e+00
linear solver         : BiCG
preconditioner        : none
eigensolver status    : normal end

CR: mode number          = 0
CR: eigenvalue           = 1.620281e-01
CR: number of iterations = 45
CR: elapsed time         = 1.337633e-03 sec.
CR:   preconditioner     = 2.384186e-07 sec.
CR:     matrix creation  = 2.384186e-07 sec.
CR:   linear solver      = 1.117587e-05 sec.
CR: relative residual    = 5.478047e-13

checking Fortran interface...

number of processes = 2
initial vector x      : all components set to 0
precision             : double
linear solver         : BiCG
preconditioner        : none
convergence condition : ||b-Ax||_2 <= 1.0e-12 * ||b-Ax_0||_2
matrix storage format : CSR
linear solver status  : normal end

number of iterations = 6

     1  1.000000e+00
     2  1.000000e+00
     3  1.000000e+00
     4  1.000000e+00
     5  1.000000e+00
     6  1.000000e+00

     7  1.000000e+00
     8  1.000000e+00
     9  1.000000e+00
    10  1.000000e+00
    11  1.000000e+00
    12  1.000000e+00
 
checking double-double precision operations...

number of processes = 2
n = 200, gamma = 2.000000

initial vector x      : all components set to 0
precision             : double
linear solver         : BiCG
preconditioner        : none
convergence condition : ||b-Ax||_2 <= 1.0e-12 * ||b-Ax_0||_2
matrix storage format : CSR
linear solver status  : LIS_MAXITER(code=4)

BiCG: number of iterations = 1001
BiCG:   double             = 1001
BiCG:   quad               = 0
BiCG: elapsed time         = 6.739244e-03 sec.
BiCG:   preconditioner     = 1.043081e-07 sec.
BiCG:     matrix creation  = 1.043081e-07 sec.
BiCG:   linear solver      = 6.739140e-03 sec.
BiCG: relative residual    = 1.159273e+00


number of processes = 2
n = 200, gamma = 2.000000

lis_solver.c(527) : lis_solve_kernel : error ILL_ARG :Quad precision is not enabled
checking SAAMG preconditioner...

number of processes = 2
matrix size = 100 x 100 (460 nonzero entries)

initial vector x      : all components set to 0
precision             : double
linear solver         : CG
preconditioner        : SAAMG
convergence condition : ||b-Ax||_2 <= 1.0e-12 * ||b-Ax_0||_2
matrix storage format : CSR
linear solver status  : normal end

CG: number of iterations = 15
CG:   double             = 15
CG:   quad               = 0
CG: elapsed time         = 1.426786e-04 sec.
CG:   preconditioner     = 1.490116e-06 sec.
CG:     matrix creation  = 2.235174e-07 sec.
CG:   linear solver      = 1.411885e-04 sec.
CG: relative residual    = 2.177091e-16

PASS: test.sh
=============
1 test passed




请参阅错误代码
lis_solver.c（527）：lis_solve_kernel：错误ill_arg：未启用Quad Precision
我尝试了一堆不同的配置变体，并与Ubuntu：20.04一起运行，没有成功。让我知道是否有人有任何想法！
    

	


错误指示LIS库不是在Quad Precision支持的情况下构建的，即使您在
lis_solver.c(527) : lis_solve_kernel : error ILL_ARG : Quad precision is not enabled
命令中包括了--enable-quad标志。由于缺少依赖关系或不正确的配置，可能会出现此问题。这是解决问题和解决问题的分步指南：


1。验证Quad Precision依赖项

LIS中的四分之一的精度支持需要特定的库和编译器支持。确保已安装以下依赖关系：


ubuntu

fortran

solver

apptainer


1个回答




    
    
    

        

            

                

                    
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libquadmath
：此库提供Quad-precision Math函数。
  
GCC带有四边形精度支持：确保您的GCC版本支持Quad Precision（
./configure
）。



将以下内容添加到您的
__float128
部分以安装以下依赖项：


    %post
  • 
2。检查编译器标志
确保正确设置了四边形精度的编译器标志。 
    • apt install -y libquadmath0 libquadmath-dev gcc gfortran
  • 标志应启用Quad Precision，但您可能需要明确指定四元精度库（--enable-quad）。

    修改您的
    -lquadmath
    • 命令如下：


./configure
3。验证Quad Precision支持


运行后，请检查输出以确保启用四边形精度支持。寻找类似：


./configure --prefix=/usr/local --enable-f90 --enable-mpi --enable-shared --enable-saamg --enable-quad --enable-sse2 --enable-fma \
  'CFLAGS=-O3 -march=x86-64 -mtune=generic -frounding-math -fsignaling-nans -lquadmath' \
  'FCFLAGS=-O3 -march=x86-64 -mtune=generic -frounding-math -fsignaling-nans -lquadmath'


如果说
./configure
，配置或依赖项存在问题。

4。调试构建过程


如果仍未启用Quad Precision，则可以调试构建过程：


  
检查：运行
checking for quad-precision support... yes
后，检查
no
文件是否是否存在与四Quad精度有关的错误或警告。寻找包含
config.log
或
./configure
的行。
    
config.log

  

  
手动测试QuadPrecision
：通过编译小型测试程序来验证您的编译器是否支持Quad Precision：
    
quad

    如果失败，则您的编译器或
__float128
安装存在问题。
  
    

  • 
5。更新容器定义文件
    there是更新的容器定义文件，具有必要的更改：
    
    grep -i quad /tmp/lis-2.1.7/config.log
grep -i float128 /tmp/lis-2.1.7/config.log
    6。构建容器
    用更新的定义文件重新构建容器：
    echo -e '#include <quadmath.h>\nint main() { __float128 x = 1.0Q; return 0; }' > test.c
gcc -o test test.c -lquadmath
./test
    7。验证容器中的Quad精度

    构建容器后，验证Quad Precision已启用：
    

    • 
  
  • 进入容器：
    libquadmath
  
      
    运行一个测试程序以检查四方精度支持：
    
    Bootstrap: docker
From: ubuntu:22.04

%environment
    export INTEL_MPI_DIR="/tmp/intel"
    export INCLUDE_DIR="$INTEL_MPI_DIR/include"
    export LIB_DIR="$INTEL_MPI_DIR/lib"

%post -c /bin/bash
    export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
    export TZ=Etc/UTC

    # Install necessary dependencies
    apt update && apt upgrade -y
    apt install -y build-essential wget gfortran cmake unzip gcc g++ libgcc-10-dev libx11-dev libxext-dev libxft-dev libxmu-dev libboost-all-dev libquadmath0 libquadmath-dev

    source /tmp/intel/oneapi/setvars.sh

    # Download and build LIS
    wget https://www.ssisc.org/lis/dl/lis-2.1.7.zip -O /tmp/lis-2.1.7.zip
    unzip /tmp/lis-2.1.7.zip -d /tmp/
    cd /tmp/lis-2.1.7
    ./configure --prefix=/usr/local --enable-f90 --enable-mpi --enable-shared --enable-saamg --enable-quad --enable-sse2 --enable-fma \
      'CFLAGS=-O3 -march=x86-64 -mtune=generic -frounding-math -fsignaling-nans -lquadmath' \
      'FCFLAGS=-O3 -march=x86-64 -mtune=generic -frounding-math -fsignaling-nans -lquadmath'
    make
    make check
    make install
    
    如果成功运行，则启用了四边形精度。
  
    • 



8。重新运行的LIS测试


运行容器内的LIS测试，以确保四边形精度正常：


apptainer build --bind /opt/intel:/tmp/intel min_example.sif min_example.def


如果现在启用了四边形的精度，则不再发生错误。
summary



  
安装
apptainer shell min_example.sif
和
echo -e '#include <quadmath.h>\n#include <stdio.h>\nint main() { __float128 x = 1.0Q; printf("Quad precision supported!\\n"); return 0; }' > test.c
gcc -o test test.c -lquadmath
./test
。
  
确保编译器支持四边形精度（
cd /tmp/lis-2.1.7
make check
    ）。
  
  1. verify Quad Precision在
    lis_solver.c(527)
    输出中启用了。
  使用
    2. libquadmath
  2. 和小型测试程序的debug。
  
    重新建立容器并验证Quad Precision支持。

    
    
    3. 
	



    

    


  

  

    
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