从 glmmadmb 输出中提取过度离散参数

Question

我想知道是否有人知道如何从 R 中

glmmadmb

的输出中提取色散参数的估计值。我正在使用负二项式模型，并且希望将此代码用于几个不同的物种，而无需必须进入并手动提取该值以用于代码的其余部分。

这是我的输出示例：

  > summary(mod1)

       Call:
           glmmadmb(formula = species ~ (1 | year) + (1 | site), data = cs, 
           family = "nbinom2", link = "log")

        AIC: 8131.7 

       Coefficients:
        Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)    
        (Intercept)     4.05       0.19    21.3   <2e-16 ***
          ---
         Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

       Number of observations: total=798, year=53, site=15 
       Random effect variance(s):
       Group=year
                  Variance StdDev
       (Intercept)   0.1925 0.4388
       Group=site
                  Variance StdDev
       (Intercept)   0.4748  0.689

       Negative binomial dispersion parameter: 1.7211 (std. err.: 0.088936)

       Log-likelihood: -4061.86 

我还没有找到提取该值的函数。

Answer 1

glmmadmb

的帮助页面除其他外还显示：

价值：

 An object of class ‘"glmmadmb"’ representing the model fit,
 including (among others) components:

   b: vector of fixed effects

   S: covariance matrix of random effects

alpha：尺度/过度分散参数（负二项式，Gamma， 测试版）

所以我认为

mod1$alpha

（或者

mod1[["alpha"]]

，如果你想非常小心的话）应该得到你想要的。

如果文档不存在，您可以（1）按照@DWin的建议查看

glmmADMB:::print.summary.glmmadmb

的代码； (2) 查看

names(mod1)

或

str(mod1)

，找到与您想要的部分相对应的模型对象部分。

可能应该有一个访问器方法，但我不知道 R 中是否有一致的约定来提取模型的色散类型参数......