~详情~
我有一个包含 10 个帧的 file.pdb，但每个帧的数据大小不同（例如，frame1 有 10 个原子，frame2 有 20 个原子……）。 我需要一种方法来制作该文件的动画，但 VMD 识别该文件只有一帧。我知道每个帧中数据大小的差异是导致此问题的原因，但我无法更改数据大小。 你能解决这个问题吗？
~我预料到了~ VMD 识别 file.pdb 包含 10 帧，即使每个帧的数据大小不同，我也可以制作动画。但 VMD 认识到它只包含一帧。 所以我不能。
由于您描述的数据帧问题，VMD 可能难以将 pdb 文件识别为多帧 pdb。一种可能的解决方案是将坐标和轨迹拆分为两个文件（例如，如您在 gromacs 文件中看到的 .gro 和 .xtc）
这可能会增加需要坐标文件合并所有原子的复杂性，然后您可能必须尝试在给定的时间步长之前不将 xyz 坐标分配给原子，或者将它们分配给不同的残基并使它们在给定的时间步长不可见。