If ... else：条件长度> 1

Question

我试图根据变体的类型（多态性、插入或删除）对变体进行分类。这是我输入的片段：

A  T
G  C
T  AG
C  T
TT C
AT CC

这是 dput 输出，如果您需要的话：

df = class(structure(c("A", "G", "T", "C", "TT", "AT", "T", "C", "AG", "T", "C", "CC"), dim = c(6L, 2L), dimnames = list(NULL, c("REF", "ALT")))

我想要分类为 :

的变体

• 当 ALT 长度 = REF 长度 = 1 时的 SNP，
• MNV 当 ALT 长度 = REF 长度时，
• 当ALT长度< REF length,
时删除
• 当 REF 长度 > ALT 长度时插入。

输出应该是这样的：

A  T   SNV
G  C   SNV
T  AG  Insertion
C  T   SNV
TT C   Deletion
AT CC  MNV

我已经尝试过这个：

variants = data.frame(
  REF = file@fix[, 4],
  ALT = file@fix[, 5],
  VARIANTTYPE =
    if (nchar(file@fix[, 4]) == nchar(file@fix[, 5]))
      {ifelse(nchar(file@fix[, 4]) == 1 & nchar(file@fix[, 5]) == 1, "Single nucleotide variant", "Multinucleotide variant")}
    else if (nchar(file@fix[, 4]) < nchar(file@fix[, 5])) {"Insertion"}
    else if (nchar(file@fix[, 4]) > nchar(file@fix[, 5])) {"Deletion"}
  else {"nothing"})

但我收到此错误：

Error in if (nchar(file@fix[, 4]) == nchar(file@fix[, 5])) { : 
  the condition has length > 1

我在互联网上找到的唯一解决方案是使用 ifelse，但 ifelse 只接受一个条件，我无法一次对所有变体进行分类。

你有什么想法吗？谢谢您的帮助！

Answer 1

您可以使用

case_when

包中的

dplyr

。 像这样：

df <- structure(c("A", "G", "T", "C", "TT", "AT", "T", "C", "AG", "T", "C", "CC"), 
                dim = c(6L, 2L),
                dimnames = list(NULL, c("REF", "ALT")))


df <- as.data.frame(df)

library(dplyr)
library(stringr)

df |> 
  mutate(VARIANTTYPE = case_when(
    
    # SNP when ALT length = REF length = 1,
    str_length(ALT) == str_length(REF) & str_length(ALT) == 1 ~ "SNP",
    
    # MNV when ALT length = REF length,
    str_length(ALT) == str_length(REF) ~ "MNV",
    
    # deletion when ALT length < REF length,
    str_length(ALT) < str_length(REF) ~ "Deletion",
    
    # and insertion when ALT length > REF length.
    str_length(ALT) > str_length(REF) ~ "Insertion",
    
  ))
#>   REF ALT VARIANTTYPE
#> 1   A   T         SNP
#> 2   G   C         SNP
#> 3   T  AG   Insertion
#> 4   C   T         SNP
#> 5  TT   C    Deletion
#> 6  AT  CC         MNV

^{创建于 2024-07-22，使用 reprex v2.1.0}