如何在rest（est.ensembl.org）api查询中使用/转换我的R矢量对象？

Question

早上好。

我想使用以下休息：https://rest.ensembl.org/documentation/info/sequence_id_post

我在R中有向量对象（ids）：

> ids
 [1] "NM_007294.3:c.932_933insT"       "NM_007294.3:c.1883C>T"           "NM_007294.3:c.2183A>C"          
 [4] "NM_007294.3:c.2321C>T"           "NM_007294.3:c.4585G>A"           "NM_007294.3:c.4681C>A"  

根据下面的代码示例，我必须在body = ids变量（bellow）中将这个向量（ids）与200多个变量放在一起，因为它可以工作：

码：

库（HTTR）

库（jsonlite）

库（XML2）

服务器< - “https://rest.ensembl.org”

ext < - “/ vep / human / hgvs”

r < - POST（paste（server，ext，sep =“”），content_type（“application / json”），accept（“application / json”），body ='{“hgvs_notations”：[“NM_007294.3：c .932_933insT“，”NM_007294.3：c.1883C> T“]}'）

stop_for_status（r）的

头（fromJSON（的toJSON（含量（R））））

我知道它是一种json格式，但是当我将变量id转换为json时，它的格式不正确。

你有什么建议吗？谢谢你的帮助。

莱昂德罗

Answer 1

我认为NM_007294.3:c.2321C>T不是对/ sequence / id REST端点的有效查询。它包含一个序列id（NM_007294.3）和一个变体（c.2321C> T），如果你理解这一点，你要求服务器一个字母T，因为这个调用返回序列。

有效查询只包含序列ID，您可以像这样使用它（假设您在向量中有id）：

r <- POST(paste(server, ext, sep = ""), content_type("application/json"), accept("application/json"), body = paste0('{ "ids" :', jsonlite::toJSON(ids), ' }')

根据下游方案，使您的ID独特可能有助于/加快速度。