在使用flowCore :: transform函数编写R程序包时，我是否都可以将变量名用作文本并获取实际值？

Question

bounty到期在6天内。该问题的答案有资格获得+ 100声望赏金。FM Kerckhof希望引起更多关注对此问题：

我期望一个调用flowCore :: transform的过程进行评估而不会出错，同时将变量timeCh的值作为名称传递给flowSet对象，以及在转换调用的评估中显式使用该值（如问题）

我正在尝试将参数传递给一个函数，该参数是一个字符串，但必须同时对其名称（符号？）和值进行评估（请参见下面的示例）。到目前为止，我可以使用base::get来获取实际值，但是flowCore::'transform,flowSet-method'中的分配失败。我知道，关于SO的许多问题都涉及将字符串评估为变量名，正如您将在下面看到的，我尝试了很多。我假设必须有一个基于rlang的答案，但是我找不到任何解决方案，任何指针将不胜感激。

可复制的示例：

# load required packages -------------------------------------------------------
library(flowAI)   # Bioconductor
library(flowCore) # Bioconductor
library(rlang)
# load example data ------------------------------------------------------------
data(Bcells) # from flowAI
# reprex -----------------------------------------------------------------------
timeCh <- "Time" # this could be variable

x <- flowCore::transform(Bcells,`Time`=(`Time`-min(`Time`)))           # this works
y <- flowCore::transform(Bcells,`Time`=(get(timeCh)-min(get(timeCh)))) # still good
z <- flowCore::transform(Bcells,timeCh=(get(timeCh)-min(get(timeCh)))) # not good

虽然在上面的代码中z的转换将正常运行，但实际上在flowSet中添加了一个新列，称为“ timeCh”。这不是理想的效果，因为我想使用转换来专门更改现有列Time。因此，我一直在尝试一些策略来评估存储在timeCh中作为对象名称（？）的字符串到transform中，但无济于事：

timeSym <- sym("Time")
timequo <- quo(timeCh)

t1 <- flowCore::transform(Bcells,!!timeSym=(get(timeCh)-min(get(timeCh)))) 
# Error: unexpected '=' in "t1 <- flowCore::transform(Bcells,!!timeSym="
t2 <- flowCore::transform(Bcells,{{timeSym}}=(get(timeCh)-min(get(timeCh))))
# Error: unexpected '=' in "t2 <- flowCore::transform(Bcells,{{timeSym}}="
t3 <-  flowCore::transform(Bcells,eval(parse(text=timeCh))=(get(timeCh)-min(get(timeCh))))
# Error: unexpected '=' in "t3 <-  flowCore::transform(Bcells,eval(parse(text=timeCh))="
t4 <-  flowCore::transform(Bcells,assign(timeCh,(get(timeCh)-min(get(timeCh)))))
# Error in get(timeCh) : object 'Time' not found
t5 <-  flowCore::transform(Bcells,assign(timeCh,(get(timeCh)-min(get(timeCh))),inherits = TRUE))
# Error in get(timeCh) : object 'Time' not found
t6 <-  flowCore::transform(Bcells,with(Bcells,assign(timeCh,(get(timeCh)-min(get(timeCh))),inherits = TRUE)))
# Error in get(timeCh) : object 'Time' not found
t7 <-  flowCore::transform(Bcells,as.name(timeCh)=(get(timeCh)-min(get(timeCh))))
# Error: unexpected '=' in "t7 <-  flowCore::transform(Bcells,as.name(timeCh)="
t8 <-  flowCore::transform(Bcells,UQ(timequo)=(get(timeCh)-min(get(timeCh))))
# Error: unexpected '=' in "t8 <-  flowCore::transform(Bcells,UQ(timequo)="
t9 <-  flowCore::transform(Bcells,(eval(quote(timeCh)))=(get(timeCh)-min(get(timeCh))))
# Error: unexpected '=' in "t9 <-  flowCore::transform(Bcells,(eval(quote(timeCh)))="

在我看来，范围界定是一个问题，但我真的对如何解决它感到困惑。

Answer 1

expectedresult <- transform(airquality, Ozone = Ozone - min(Ozone))

首先我们使用do.call重写它：

all.equal(
  do.call(transform, list(`_data` = airquality, Ozone = quote(Ozone - min(Ozone))))
  ,expectedresult)
#[1] TRUE

很好，现在我们可以通过编程方式设置列表名称，并替换为带引号的表达式：

varname <- "Ozone"
varsymbol <- as.name(varname)

all.equal(
  do.call(transform, 
          setNames(list(airquality, bquote(.(varsymbol) - min(.(varsymbol)))), 
                   c("_data", varname)))
  ,expectedresult)
#[1] TRUE

让我完成一些建议：

如果在代码中使此类功能成为必需，请避免使用依赖于非标准评估的便捷功能。

Answer 2

# Compose the expression(s)
tfarg <- rlang::exprs( !!timeSym := !!timeSym - min(!!timeSym) )
xpr <- rlang::expr( flowCore::transform(Bcells, !!!tfarg) )
# flowCore::transform(Bcells, Time = Time - min(Time))

# Evaluate the expression
t1 <- eval(xpr)

# Compare to "ground truth"
identical( summary(t1), summary(x) )  # TRUE

[在上文中，我们首先使用Time = Time - min(Time)创建quasiquotation未求值的表达式，该表达式将!!timeSym有效地替换为timeSym中存储的符号（即Time），并且需要:=才能使它起作用在作业的左侧。

然后我们将第一个表达式粘贴到flowCore::transform(Bcells, Time = Time - min(Time))函数调用中，从而创建第二个未赋值的表达式flowCore::transform()。>
旁注：
看来最小时间值为零，所以您的transform()实际上什么也不做。