将人口信息放入VCF文件

Question

我有一个没有人口信息的 VCF 文件。 我有三个包含样本名称的测试文件（pop1.txt、pop2.txt 和 pop3.txt）。如何使用 R 或其他方式将人口信息合并到该 VCF 文件中？

Answer 1

有几种方法可以做到这一点。

1. 在上游，您可以使用包含总体符号的方式命名样本。例如，我将实验中的 fastq/bam 文件命名为

   No_L_1

   和

   No_R_1

   ，分别代表我拥有的挪威湖泊和溪流数据集中的样本号 1。

2. 使用

   sed

   或

   awk

   之类的内容循环遍历总体ID，并将VCF样本列名称更改为更直观的名称。

3. 在

   R

   中，使用像

   vcfR

   这样的库读取数据，然后更改R对象上的样本。我倾向于读取数据并将

   vcfR.object

   转换为

   data.table

   。 （即

   vcf <- read.vcfR(vcf_path) %>% as.data.table)

   ）

无论如何，如果您在 R 中进行分析，那么将所有人口数据放在一个 csv 中可能是最简单的方法，其中第 1 列为

sample_id

，第 2 列为

population

。