即使添加了 Conda forge，我怎样才能克服“未找到包”的问题？

Question

我正在使用具有这些依赖项的教程：

python v3.9.13 皮萨姆 v0.19.1 BWA v0.7.17 萨姆工具 v1.16.1 cellranger-atac v2.0.0 cutadapt v4.1

我正在尝试在 Anaconda 中运行此命令来创建环境：

  conda create -n cutadapt -c bioconda -c conda-forge cutadapt python=3.9 bwa pysam samtools numpy

我收到此错误作为回报：

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

  - samtools
  - pysam
  - cutadapt
  - bwa

当我查找时，建议添加 conda forge，但我已经有了。任何其他想法将不胜感激。

Answer 1

根据您列出的无法找到的软件包，您使用的是 Windows，而所有这些软件包仅针对 Linux 和 OSX 构建。

您最好的选择是安装在 Linux 的 Windows 子系统上运行的 Ubuntu 应用程序。 您可以从 Windows 应用商店安装它。 安装完成后，您可以在 Ubuntu 子系统中安装 miniconda/anaconda，然后创建您的环境。