rpy2 构建轮子失败

Question

我在我的基本操作系统 Freya 64 位（基于 Ubuntu 14.04）上运行

Python v2.7.8

和

R v3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing"

。

我正在尝试安装

rpy2

软件包：

pip install rpy2

它失败并出现错误：

rpy2 构建轮子失败

在下面我还看到：

错误：命令“gcc”失败，退出状态为 1

完整输出位于此处。

我已经尝试过：

sudo apt-get install python-dev libevent-dev python3-dev

但错误仍然存在。

我知道

pip

可以工作，因为我已经安装了

numpy

、

matplotlib

、

scipy

和其他使用它的软件包。

Answer 1

在这篇文章中找到了答案。我只需要将 R 从

v3.0.2

升级到适用于我的系统的最新版本 (

v3.2.1

)。

第 1 步：卸载以前的 R-base 安装

sudo apt-get remove r-base-core

第2步：更新Sources.List文件

1. 编辑sources.list文件

   sudo gedit /etc/apt/sources.list
   

2. 添加以下条目（适用于 Ubuntu 14.04）：

   deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/
   

第 3 步：添加公钥

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

第4步：安装R-base

sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install r-base

第五步：安装rpy2

pip install rpy2

Answer 2

它在完整输出中有所指示。

这与 R 的编译和/或安装方式有关。 Rpy2 需要一个无法找到的标头：

   ./rpy/rinterface/r_utils.c:32:31: fatal error: R_ext/Rallocators.h: No existe el archivo o el directorio
 #include <R_ext/Rallocators.h>

Answer 3

这个解决方案对我有用，因为它实际上是一个标题问题：https://stackoverflow.com/a/23085474/7049567

sudo apt-get install libreadline-dev 

或者

yum install readline-devel

Answer 4

apt-get install -y python3-rpy2

Answer 5

对于想知道的人，在 Fedora 中，您需要安装此软件包：

sudo dnf install python3-devel

如果您有标题问题，这将解决问题！ Pip 正在尝试编译

rpy2

，因此它需要一个头文件。 头文件就在这个包里！

Answer 6

首先升级pip版本

pip install --upgrade pip

然后安装系统依赖项（Ubuntu）

sudo apt-get install -y libssl-dev libffi-dev libxml2-dev libxslt1-dev libopenblas-dev

然后再次尝试安装

pip install rpy2