从文件中提取特定范围的Fasta序列

Question

我正在尝试从特定范围提取序列。我使用的命令只能在fasta序列中提取前n行

awk "/^>/ {n++} n>2000 {exit} {print}" Name.faa > Name_2k_cds.faa

如果我想从2000到3000的特定范围内提取序列，该怎么办？我现有的代码中是否有一个简单的编辑。

谢谢！

Answer 1

您可以尝试以下方法：

sed -n '2000,3000p' Name.faa > Name_2k_to_3k_cds.faa

解释：
sed -n       # suppress automatic printing of pattern space
'2000,3000p' # print only line 2000 to 3000