是否可以在Pycharm中查看py3Dmol或nglview？

Question

大多数人似乎使用 Jupyter Notebook 来显示 nglview 和 py3dmol 模型，因为 nglview 是一个 IPython/Jupyter 小部件。

我想知道如何在我的 Pycharm IDE 中查看这些生物分子，就像 matplotlib 允许在两个应用程序中绘制窗口一样。

这是Pycharm Pro的功能吗？

Answer 1

是的，但我认为它只适用于 PyCharm 专业版。

它支持与

Jupyter Notebook

和

JupyterLab

的集成，还使您能够在IDE中可视化像

nglview

和

py3dmol

这样的小部件。但您还需要安装兼容的网络浏览器才能显示小部件。

如果您使用的是 PyCharm Community Edition，您仍然可以使用

nglview

和

py3dmol

，但您将无法在 IDE 中显示小部件。

更新：

我误解了这个问题。不幸的是，据我所知，目前无法在 PyCharm IDE 窗口中直接显示

nglview

或

py3dmol

小部件。因为小部件依赖

JavaScript

来渲染3D分子，而PyCharm不提供内置的

JavaScript

运行时。

Answer 2

是的，PyCharm Professional 版包括对 IPython/Jupyter Notebook 集成和交互式小部件的支持，例如

nglview

和

py3Dmol

。您可以使用 PyCharm Professional 创建 Jupyter Notebook 文件并在 PyCharm IDE 中查看分子可视化。 在 PyCharm Professional 中创建和显示可视化与在 Jupyter Notebook 中相同

备用 也可以使用

nglview

扩展在 Visual Studio Code (VS Code) 中查看

py3Dmol

和

Jupyter

可视化。

Jupyter

扩展允许您在 VS Code 中创建和编辑 Jupyter 笔记本，并查看交互式小部件，例如

nglview

和

py3Dmol

.

请注意，您可能需要安装额外的库或插件， 例如

ipywidgets

，启用

nglview

的交互功能 或

py3Dmol

在 VS Code 的 Jupyter Notebook 单元格中。 确保您的计算机上安装了兼容版本的 Python，并且您已在 VS Code 环境中选择了正确的 Python 解释器。