Bash传递不在循环的第i个元素中的文件名

Question

在简单的文件处理中，您希望在目录中的每个文件上执行某些操作，您可以执行以下操作：

for i in file1 file2 file3 file5
do
echo "Processing $i"
done

我想在这里做的是传递$ i以及非$ i文件作为命令的参数。让我们说我的目录包含4个文件（file1，file2，file3，file5）。例如，在处理file1的循环的第一次迭代中，我想将其余文件（file2，file3，file5）传递给命令的-b参数。

例如，bash中循环的第一次迭代应该如下所示：

FILES=/path/to/directory
for i in $FILES
do
bedtools intersect -a $i -b file2 file3 file5
done

在第二次迭代中，当file2在$ i中时，其余文件将被传递给-b参数。

for i in $FILES
do
bedtools intersect -a $i -b file1 file3 file5
done

等等，用于目录中的所有文件。简而言之，将当前文件传递给-a参数，其余文件传递给-b参数。

如果有人可以帮助我，那将是很棒的。谢谢。

Answer 1

您可以使用数字循环并从数组中取出切片：

shopt -s nullglob
files=( path/to/directory/* )

for (( i = 0; i < ${#files[@]}; ++i )); do
    file=${files[i]}
    others=( "${files[@]:0:i}" "${files[@]:i+1}" )
    bedtools intersect -a "$file" -b "${others[@]}"
done

这循环通过数组files的索引并切割当前索引i之前和之后的部分以获得others。

Answer 2

你也可以尝试这样的，

op=$(find /path/to/directory ! -iname ".*")                                                      
temp=$op                                                                        

for i in $op;                                                                   
do                                                                              
    rfile=${temp//$i/}                                                          
    rfile=$(echo $rfile | tr '\n' ' ')                                          
    bedtools intersect -a $i -b $rfile                                              
done

Answer 3

count=0; files=(*)
for i in ${files[*]}; do 
   unset files[count]
   echo "bedtools intersect -a $i -b ${files[*]}"
   files+=($i)
   ((count++))
done