使用r

Question

任何人都知道如何使用R中的Magick软件包从16位TIFF图像中获取每个通道（RGB）的像素值？目前，我正在使用Mathematica执行此操作，因为我找不到在Mathematica中进行同等的方法。

i试图从image-magick软件包中读取像素值，结果是原始类型（例如“ ff”）。我使用函数Rawtonum（软件包“ PACK”）将原始类型转换为数字，结果接近我在Mathematica中使用ImageDate函数获得的结果，但并不完全相同。

Answer 1

magick

软件包作为数字阵列访问像素。该示例基于包装中的thisvignette

。

library(magick)

tiger <- image_read('http://jeroen.github.io/images/tiger.svg')
tiger_tiff <- image_convert(tiger, "tiff")

# Access data in raw format and convert to integer
tiger_array <- as.integer(tiger_tiff[[1]])

如果检查尺寸并输入您获得的类型：

dim(tiger_array)
[1] 900 900   4
is.numeric(tiger_array)
[1] TRUE

我对

R

Answer 2

system()

或somesuch。

，如果，也许您可以使用此。首先，让我们制作一个16位TIFF文件，这是红蓝色宽度仅10像素和1像素高的梯度：

convert -size 10x1 gradient:red-blue image.tiff

现在，我们可以使用

ImageMagick

：将像素倒入文件

convert image.tiff rgb:image.rgb

# Now check its length - yes, 60 bytes = 10 pixels with 2 bytes each for RG &B
ls -l image.rgb
-rw-r--r--  1 mark  staff  60 11 Jul 10:32 image.rgb

我们还可以将数据写入to以下：

： stdout

还用每行1像素（6个字节）

看它

convert image.tiff rgb:-

我希望您能在

convert image.tiff rgb:- | xxd -g 3 -c 6
00000000: ffff00 000000  ......   # Full Red, no Green, no Blue
00000006: 8de300 00721c  ....r.   # Lots of Red, no Green, a little Blue
0000000c: 1cc700 00e338  .....8
00000012: aaaa00 005555  ....UU
00000018: 388e00 00c771  8....q
0000001e: c77100 00388e  .q..8.
00000024: 555500 00aaaa  UU....
0000002a: e33800 001cc7  .8....
00000030: 721c00 008de3  r.....
00000036: 000000 00ffff  ......   # No Red, no Green, full Blue

中做类似的事情，

R

倾倒像素的其他方法可能与

system("convert image.tif rgb:-")

一起lur以溶解整个文件，然后打开包含的未签名短裤，然后每行打印一条：

Perl

样本输出

---

convert image.tiff rgb: | perl -e 'my $str=do{local $/; <STDIN>}; print join("\n",unpack("v*",$str)),"\n";'

查看数据的其他方法可能正在使用

65535      # Full Red 
0          # No Green
0          # No Blue
58253      # Lots of Red
0          # No Green
7282       # A little Blue
50972      # Moderate Red
0
14563
43690
0
21845
36408
0
29127
29127
0
36408
21845
0
43690
14563
0
50972
7282
0          # No Green
58253      # Lots of Blue
0          # No Red
0          # No Green
65535      # Full Blue

和

od

这样： awk

where

convert image.tiff rgb: | od -An -tuS | awk '{for(i=1;i<=NF;i++){print $i}}'
65535
0
0
58253
0
7282
50972
0
14563
43690
0
21845
36408
0
29127
29127
0
36408
21845
0
43690
14563
0
50972
7282
0
58253
0
0
65535

---

抑制地址的打印，

-An

说数据的类型均不签名。
    

也许ImageMagick的一种稍微简单的方法是使用TXT：输出格式。

使用Mark Setchell的图像：-tuS

使用txt：as

convert -size 10x1 gradient:red-blue image.tiff

生产：

Answer 3

convert image.tiff txt: | sed -n 's/^.*[(]\(.*\)[)].*[#].*$/\1/p'

或使用TXT：包括像素坐标

65535,0,0
58253,0,7282
50972,0,14563
43690,0,21845
36408,0,29127
29127,0,36408
21845,0,43690
14563,0,50972
7282,0,58253
0,0,65535

生产：

convert image.tiff txt: | sed -n 's/^\(.*[)]\).*[#].*$/\1/p'

谢谢你们。我发现的最好的答案是由我的一个学生使用包装栅格给出的：

0,0: (65535,0,0)
1,0: (58253,0,7282)
2,0: (50972,0,14563)
3,0: (43690,0,21845)
4,0: (36408,0,29127)
5,0: (29127,0,36408)
6,0: (21845,0,43690)
7,0: (14563,0,50972)
8,0: (7282,0,58253)
9,0: (0,0,65535)

唯一的问题是函数为。软件包的matrix可能会与基本软件包中的函数混淆，因此可能有必要指定栅格::as.matrix.

@nate_a给出了答案，但不到一美元的三分钱。 After

library(raster)
img <- stack(filename)
x <- as.matrix(raster(img, 1)) # here we specify the layer 1, 2 or 3

Answer 4

您获得第一个像素的每个通道颜色by

dim(tiger_array)
[1] 900 900   4

或如果您喜欢0-255

tiger_array[1,1,1] # red
tiger_array[1,1,2] # green
tiger_array[1,1,3] # blue

Answer 5