如何将“IPython.core.display.SVG”另存为PNG文件？

Question

我正在尝试在 Jupyter Notebook 环境中将数据类型为“IPython.core.display.SVG”的变量保存为 PNG 文件。

我首先尝试：

with open('./file.png','wb+') as outfile:
    outfile.write(my_svg.data)

我收到错误：

TypeError: a bytes-like object is required, not 'str'

接下来，我尝试了：

with open('./file.png','wb+') as outfile:
    outfile.write(my_svg.data.encode('utf-8'))

但是，我无法打开“file.png”。操作系统报错：

The file “file.png” could not be opened. It may be damaged or use a file format that Preview doesn’t recognize.

我可以用“svg”扩展名保存“my_svg”，如下所示：

with open('./file.svg','wb+') as outfile:
    outfile.write(my_svg.data.encode('utf-8'))

但是，当我想将“file.svg”转换为“file.png”时：

import cairosvg
cairosvg.svg2png(url="./file.svg", write_to="./file.png")

我收到错误：

ValueError: unknown locale: UTF-8

这就是我在 Jupyter Notebook 中获取“IPython.core.display.SVG”数据类型的方式：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from IPython.display import SVG


smile_1 = 'C(C(N)=O)c(c)c'
smile_2 = 'o(cn)c(c)c'

m1 = Chem.MolFromSmiles(smile_1,sanitize=False)
Chem.SanitizeMol(m1, sanitizeOps=(Chem.SanitizeFlags.SANITIZE_ALL^Chem.SanitizeFlags.SANITIZE_KEKULIZE^Chem.SanitizeFlags.SANITIZE_SETAROMATICITY))
m2 = Chem.MolFromSmiles(smile_2,sanitize=False)
Chem.SanitizeMol(m2, sanitizeOps=(Chem.SanitizeFlags.SANITIZE_ALL^Chem.SanitizeFlags.SANITIZE_KEKULIZE^Chem.SanitizeFlags.SANITIZE_SETAROMATICITY))

mols = [m1, m2]
legends = ["smile_1", "smile_2"]

molsPerRow=2
subImgSize=(200, 200)
nRows = len(mols) // molsPerRow
if len(mols) % molsPerRow:
  nRows += 1
  
fullSize = (molsPerRow * subImgSize[0], nRows * subImgSize[1])
d2d = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(fullSize[0], fullSize[1], subImgSize[0], subImgSize[1])
d2d.drawOptions().prepareMolsBeforeDrawing=False
d2d.DrawMolecules(list(mols), legends=legends)
d2d.FinishDrawing()
SVG(d2d.GetDrawingText())

环境：

• macOS 11.2.3
• Python 3.6
• RDKit版本2020.09.1

非常感谢任何帮助。

Answer 1

与其使用 rdkit 创建 SVG 并尝试将其转换为 PNG，为什么不直接创建 PNG？

from rdkit.Chem import Draw
from rdkit import Chem

# create rdkit mol
smile = 'CCCC'
mol = Chem.MolFromSmiles(smile)

# create png
d2d = Draw.MolDraw2DCairo(200, 200)
d2d.DrawMolecule(mol)
d2d.FinishDrawing()
png_data = d2d.GetDrawingText()

# save png to file
with open('mol_image.png', 'wb') as png_file:
    png_file.write(png_data)

我不确定为什么 MolDraw2DCairo 不适合你，但使用你提到的包（cairosvg）你可以很容易地扩展你的代码示例：

# extra imports
import cairosvg
import tempfile

# replace molecule drawing part
d2d = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(fullSize[0], fullSize[1], subImgSize[0], subImgSize[1])
d2d.drawOptions().prepareMolsBeforeDrawing=False
d2d.DrawMolecules(list(mols), legends=legends)
d2d.FinishDrawing()
svg_text = d2d.GetDrawingText()

# save to png file
with tempfile.NamedTemporaryFile(delete=True) as tmp:
    tmp.write(svg_text.encode())
    tmp.flush()
    cairosvg.svg2png(url=tmp.name, write_to="./mol_img.png")

Answer 2

问题是：

我正在尝试在 Jupyter Notebook 环境中将数据类型为“IPython.core.display.SVG”的变量保存为 PNG 文件。

我的尝试，猜测在任何地方都有效（??）；

首先我需要创建一个

IPython.core.display.SVG

对象，然后从该对象中提取 data (str ??) 并将其编码以从

svg2png

库提供给

cairosvg

，见下文：

from io import BytesIO

from cairosvg import svg2png

from PIL import Image

svg_code = """
    <svg xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" width="24" height="24" viewBox="0 0 24 24" fill="none" stroke="#000" stroke-width="2" stroke-linecap="round" stroke-linejoin="round">
        <circle cx="12" cy="12" r="10"/>
        <line x1="12" y1="8" x2="12" y2="12"/>
        <line x1="12" y1="16" x2="12" y2="16"/>
    </svg>
    """
    
from IPython.core.display import SVG

d2g = SVG(svg_code)


print('d2g : ', d2g)

print('type(d2g) : ', type(d2g))    

print('d2g.data : ', d2g.data)

print('type(d2g.data) : ', type(d2g.data))    
    
svg_data = BytesIO(d2g.data.encode())
    
# with open('output.svg', 'w') as f:
            
#     f.write(svg_data)
        
png = svg2png(bytestring=svg_data.read())

pil_img = Image.open(BytesIO(png)).convert('RGBA')
pil_img.save('pil.png')
    
print(type(pil_img))  

pil_img.show()

输出：

d2g :  <IPython.core.display.SVG object>
type(d2g) :  <class 'IPython.core.display.SVG'>
d2g.data :  <svg xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" width="24" height="24" viewBox="0 0 24 24" fill="none" stroke="#000" stroke-width="2" stroke-linecap="round" stroke-linejoin="round">
        <circle cx="12" cy="12" r="10"/>
        <line x1="12" y1="8" x2="12" y2="12"/>
        <line x1="12" y1="16" x2="12" y2="16"/>
    </svg>
type(d2g.data) :  <class 'str'>
<class 'PIL.Image.Image'>

图像输出：