我一直在Neo4J Community 3.3.3，Enterprise 3.3.9和Enterprise 3.5.17之间进行一些测试。
令我惊讶的是，版本越新，处理请求的时间就越长。
是的，我在转移数据库时检查了所有索引（我用于搜索的所有参数的内部索引和APOC索引）都已到位。对于3.5版，我甚至建议将lucene索引更新为本地索引。
以下是我的以下查询的结果，每个查询产生约12000个结果（约500000个数据库命中）
PROFILE MATCH (u:User{uid:'16c01100-aa92-11e3-a3f6-35e25c9775ff'}),
(u)<-[:BY]-(ctx:Context)
WITH COLLECT (DISTINCT ctx.uid) as contexts
WITH 'context:('+apoc.text.join(contexts,' ')+')' AS query
CALL apoc.index.relationships('BY',query)
YIELD start, rel
WHERE 'Statement' IN LABELS(start)
RETURN DISTINCT start, rel;
3.3.3社区：3500 ms（连续1000 ms的加载）
3.3.9企业：1850 ms（1350 ms）
3.5.17企业：3500毫秒（1500毫秒）
然后进行这种查询：
PROFILE MATCH (u:User{uid:'16c01100-aa92-11e3-a3f6-35e25c9775ff'}),
(u)<-[rel:BY]-(s:Statement)
RETURN distinct s, rel;
3.3.3社区：1500 ms（连续1000 ms的加载）
3.3.9企业：3100毫秒（1300毫秒）
3.5.17企业：4000毫秒（2800毫秒）
我还注意到本机关系索引比apoc索引慢得多。
例如，对于两个查询：
APOC：
CALL apoc.index.relationships('IN','user:16c01100-aa92-11e3-a3f6-35e25c9775ff')
YIELD start,end RETURN DISTINCT start, end;
与新的本机Neo4J索引：
CALL db.index.fulltext.queryRelationships('IN','user:16c01100-aa92-11e3-a3f6-35e25c9775ff') YIELD relationship WITH DISTINCT relationship, startNode(relationship) AS start, endNode(relationship) AS end RETURN start, end;
本机关系索引慢两倍（！）。
为什么企业的速度低于社区版本？
以及如何提高速度？
如果只查看返回的实体本身，则在DISTINCT时不需要CALL db.index.fulltext.queryRelationships，因为该过程始终返回不同的实体。如果您希望通过关系实体，起始节点和结束节点的组合获得不同的结果，那么除非您可以建模，否则我认为您需要这样做。
我创建了具有大约一百万个关系的数据集，并获得了这些结果（重复执行了几次查询，报告的结果最低：]
首先，直线式APOC：profile call apoc.index.relationships("R", "name:*") yield rel,weight return count(rel)用了6101毫秒。
直线模式FTS：profile call db.index.fulltext.queryRelationships("rels_r", "*") yield relationship return count(relationship)花费了1611毫秒。
模式FTS具有无用的区别：profile call db.index.fulltext.queryRelationships("rels_r", "*") yield relationship as r with distinct r return count(r)耗时2569毫秒。
具有解决关系开始节点的模式FTS：profile call db.index.fulltext.queryRelationships("rels_r", "*") yield relationship as r with startNode(r) as s return count(s)花费了1957毫秒。 （在末端节点中添加也使它稍微慢一些，但我将在此处跳过）
具有独立节点和起始节点的模式FTS：profile call db.index.fulltext.queryRelationships("rels_r", "*") yield relationship as r with distinct r, startNode(r) as s return count(s)花费了3040毫秒。
与上述相同，但也带有末端节点：profile call db.index.fulltext.queryRelationships("rels_r", "*") yield relationship as r with distinct r, startNode(r) as s, endNode(r) as e return count(s)耗时3580毫秒。
与上述相同，但使用APOC：profile call apoc.index.relationships("R", "name:*") yield rel,weight with distinct rel, startNode(rel) as s, endNode(rel) as e return count(s)花费了7137毫秒。
这是在Neo4j 3.5.17上发布的，与您在帖子中报告的内容相同。上面的查询会扫描索引的所有内容，但是当我也使用非常有选择的查询时，结果也是可重复的。
对不起，这是一种“为我工作”的答案。全文索引，但是在没有更好的方法来尝试重现此问题的情况下，这就是我所得到的。