BLAST+blastn fmt 输出 17 (sam) 格式不正确

Question

我正在使用 BLAST+ 将一些纳米孔读数映射到我自己的参考上。我使用多种输出文件格式，主要是 0（爆炸式视觉对齐）和 6（tsv 文件），没有问题。所有格式和列定位都非常好。

最近，我正在尝试

-outfmt 17

，看起来引用和查询的位置被翻转了。如果我转换 sam > bam，它会转换文件，即使索引也很好，但我无法将其映射到参考序列（例如在 IGV 或 Tablet 中），因为“染色体标签与参考序列不匹配”。有人遇到类似的问题还是我的 BLAST+ 参数设置不正确？

命令行非常简单：

blastn -db .\\db\\path\\ref.fa -query .\\query\\path\\query.fasta -out .\\results\\path\\file_fmt17.txt -outfmt 17

输出结果为：

@HD VN:1.2  SO:coordinate   GO:reference                                                
@SQ SN:Query_1  LN:699                                                  
@SQ SN:Query_2  LN:598                                                  
@SQ SN:Query_3  LN:198                                                  
@SQ SN:Query_4  LN:286                                                  
@SQ SN:Query_5  LN:162                                                  
@SQ SN:Query_6  LN:405                                                  
@PG ID:0    VN:2.16.0+  CL:blastn -db .\db\path\ref.fa -query .\query\path\query.fasta -out .\results\path\file_fmt17.txt -outfmt 17    PN:blastn                                           
ref 16  Query_1 1   255 1536H65M2I148M2I1M1I1M1I6M3I98M1D7M1I4M1D27M2I27M1I312M1943H    *   0   0   *   *   AS:i:646    EV:f:0  NM:i:15 PI:f:99.43  BS:f:1194.06
ref 16  Query_2 15  255 1665H470M1D112M1941H    *   0   0   *   *   AS:i:579    EV:f:0  NM:i:1  PI:f:100.00 BS:f:1070.33
ref 16  Query_3 1   255 2053H71M1D31M1D30M1I17M1D44M1941H   *   0   0   *   *   AS:i:180    EV:f:3.10158e-95    NM:i:4  PI:f:99.48  BS:f:333.517
ref 0   Query_4 1   255 3182H50M1I18M1D85M852H  *   0   0   *   *   AS:i:145    EV:f:1.30173e-75    NM:i:2  PI:f:99.35  BS:f:268.884
ref 16  Query_4 158 255 860H13M2I7M1D28M1I7M1I3M2I16M2D48M3200H *   0   0   *   *   AS:i:75 EV:f:1.06489e-36    NM:i:9  PI:f:93.44  BS:f:139.619
ref 0   Query_5 2   255 3819H111M1D19M1D23M216H *   0   0   *   *   AS:i:130    EV:f:1.55958e-67    NM:i:2  PI:f:96.08  BS:f:241.185
ref 16  Query_6 1   255 1844H78M1D37M1D10M1I35M1D16M1D160M1D4M1I6M1D8M1I39M1948H    *   0   0   *   *   AS:i:313    EV:f:7.60255e-169   NM:i:9  PI:f:95.17  BS:f:579.122

我在 Windows BLAST 2.16.0+ 上运行它

Answer 1

万一有人像我一样错过了它，只需要以下格式的扩展位置参数：

-outfmt "17 delim= SR"