在较大的 SpatRaster 上使用 `terra::as.matrix` 时出现 std::bad_alloc 错误

Question

我希望在一个较大的光栅堆栈（82兆）上运行

terra::as.matrix

。立即出现 std::bad_alloc 内存错误。我看到一些类似的已发布问题（例如 terra github 存储库上的 #562 和此处的其他地方），以及各种潜在的解决方案，但不确定哪条路径最适合我的情况。我没有将栅格分割成块或部分并单独处理每个块的经验。希望有一种方法可以配置 terra 来处理这个问题。

我尝试更改

terraOptions()

，包括，例如

terraOptions(memfrac=0.9)

和

terraOptions(steps=55)

。

光栅需要比我更多的内存来处理；我将比例从 0.6 提高到 0.9。参见：

mem_info(x)

------------------------
Memory (GB) 
------------------------
check threshold : 1 (memmin)
available       : 17.45
allowed (90%)   : 15.7
needed (n=1)    : 136.66
------------------------
proc in memory  : FALSE
nr chunks       : 10
------------------------

spatRaster 对象由 8 层组成；两个用于坐标，其他值来自 6 个组成栅格图层。

class       : SpatRaster 
dimensions  : 42700, 53693, 8  (nrow, ncol, nlyr)
resolution  : 10, 10  (x, y)
extent      : 228888.5, 765818.5, 4807436, 5234436  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : NAD_1983_CSRS_v6_UTM_Zone_20N 
source      : spat_6d442d83216d_27972.tif 
names       :       xCoord,       yCoord,       chm,      ndvi,       hwba,     swba, ... 
min values  : 5.247202e-07, 5.247202e-07, 0.0000000, 0.0000000, 0.00000000, 0.000000, ... 
max values  : 1.104672e-02, 8.504140e-03, 0.1438089, 0.1625947, 0.07315826, 0.522824, ... 

该问题与 在大堆栈和许多点上使用 `terra::extract` 时出现错误 std::bad_alloc 和 对 terra 中非常大的栅格进行操作会导致 std::bad_alloc 但我找不到解决方案在那里解决我的问题。

这是我的代码的代表：

library(terra)

terraOptions(memfrac=0.9)
#terraOptions(steps = 55)

Trans.env.table <- terra::as.matrix(x)

mem_info(x)

我确实看到

proc in memory

默认为 FALSE。

Answer 1

mem_info(x)

建议您有 17.5 GB 可用内存，但需要 137 GB 才能将整个文件读入内存（由于压缩，磁盘上的文件大小不一样）。所以你不能这样做。

也许更重要的问题是为什么你认为你需要

as.matrix

。