CCDr 算法执行错误 - 因果发现工具箱

Question

我正在开展一个项目，比较因果发现工具箱（CDT）中的各种因果发现算法。我遇到了 CCDr 算法错误。

所有三种数据类型（混合、连续和离散）都不起作用。我还更改了临时目录，这让我可以清楚地看到临时文件夹/文件在处理时创建，然后立即删除。所以，我不认为这是访问/权限问题。

版本： CDT 包 - 0.6.0

Python - 3.11.3

Pytorch - 2.0.1

没有可用的 GPU。

您将需要以下内容 ->

数据文件： data.csv - 混合数据类型 https://github.com/FenTechSolutions/CausalDiscoveryToolbox/files/11731039/data.csv

data1.csv - 连续数据类型 https://github.com/FenTechSolutions/CausalDiscoveryToolbox/files/11731040/data1.csv

data2.csv - 离散数据类型 https://github.com/FenTechSolutions/CausalDiscoveryToolbox/files/11731041/data2.csv

以下Python脚本：

import pandas as pd
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
from cdt.causality.graph import CCDr
# from cdt.metrics import precision_recall, SID, SHD

# Load data
file = 'data1.csv'
data = pd.read_csv(file)

# Create and visualize CDT graph
model = CCDr()
prediction = model.predict(data)

pos = nx.spring_layout(prediction)
nx.draw_networkx(prediction, pos, with_labels=True, node_size=300)
plt.show()

错误： R Python 错误输出 [Errno 2] 没有这样的文件或目录:

'/用户/oriana/CDT/CDT_Algorithms/check/cdt_ccdr_f8b6bdf0-3c90-4f35-b860-8abe44173994/result.csv' 回溯（最近一次调用最后一次）：

文件“/Users/oriana/CDT/CDT_Algorithms/check/CCDr.py”，第 27 行，位于

预测 = model.predict(data)

^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

文件“/usr/local/lib/python3.11/site-packages/cdt/causality/graph/model.py”，第 63 行，在预测中返回 self.create_graph_from_data(df_data, **kwargs)

^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

文件“/usr/local/lib/python3.11/site-packages/cdt/causality/graph/CCDr.py”，第 121 行，在 create_graph_from_data 中结果= self._run_ccdr（数据，详细= self.verbose）

^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

文件“/usr/local/lib/python3.11/site-packages/cdt/causality/graph/CCDr.py”，第 142 行，在 _run_ccdr 中提高e 文件“/usr/local/lib/python3.11/site-packages/cdt/causality/graph/CCDr.py”，第 137 行，在 _run_ccdr 中 ccdr_result = launch_R_script(Path("{}/R_templates/CCDr.R".format(os.path.dirname(os.path.realpath(file)))),

^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

文件“/usr/local/lib/python3.11/site-packages/cdt/utils/R.py”，第 221 行，在 launch_R_script 中引发运行时错误（“RProcessError R 处理错误输出 ----------------------- " + str(err, "ISO-8859-1")) 来自无

运行时错误：RProcessError

R 过程错误输出

加载所需包：sparsbnUtils

加载所需包：ccdrAlgorithm

加载所需包：discretecdAlgorithm

请引用我们的工作！输入 cite("sparsebn") 了解详细信息。 ---> 错误？请在 https://github.com/itsrainingdata/sparsebn/issues 报告任何错误。

附上包装：

以下对象被 â 屏蔽：

select

未指定干预措施清单：假设数据纯粹是观察性的。权重误差 < -1 || weights > 1 : 'length = 324' 强制转换为 '逻辑(1)' 调用：estimate.dag ... -> ccdr_call -> ccdr_gridR -> ccdr_singleR 执行停止

Answer 1

我也遇到了类似的问题，这是因为R包“ccdrAlgorithm”和“sparsebn”已被弃用，这意味着不再支持CCDr算法。

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