程序不使用奇点运行，但可以在docker中运行

Question

我有以下 Docker 配方，可以与 Docker 配合使用：

FROM mambaorg/micromamba:1-noble
LABEL maintainer="[email protected]"
RUN micromamba install -y -n base -c bioconda -c conda-forge fastQC
RUN micromamba clean --all --yes
ENV PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/opt/conda/bin

如果我构建它并使用 Docker 运行它，它就可以正常工作

docker build -t test .
docker tag test:latest rbarrant/test:0.1
docker push rbarrant/test:0.1

docker run rbarrant/test:0.1 fastqc --help

但它抱怨奇点：

singularity exec docker://rbarrant/test:0.1 fastqc

信息：使用缓存的 SIF 图像无法在 @INC 中找到 FindBin.pm（您 可能需要安装 FindBin 模块）（检查@INC 条目： /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.38.2 /usr/local/share/perl/5.38.2 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.38 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.38 /usr/share/perl/5.38 /usr/local/lib/site_perl) 位于 /opt/conda/bin/fastqc 第 4 行。开始 失败——编译在 /opt/conda/bin/fastqc 第 4 行中止。

我错过了什么？

Answer 1

尝试将下面的行添加到您的

Dockerfile

，它将安装

perl

：

RUN micromamba install -y -n base -c conda-forge perl