Bash如何在两个目录中执行文件命令

Question

我知道这个bash代码用于对一个目录中的所有文件执行操作：

for files in dir/*.ext; do 
cmd option "${files%.*}.ext" out "${files%.*}.newext"; done

但是现在我必须对一个目录中的所有文件执行一个操作，其中所有文件都在另一个目录中，文件名相同但扩展名不同。例如

directory 1 -> file1.txt, file2.txt, file3.txt
directory 2 -> file1.csv, file2.csv, file3.csv

cmd file1.txt file1.csv > file1.newext
cmd file2.txt file2.csv > file2.newext

我不能比较两个文件，但我必须执行的脚本需要两个文件来生成另一个文件（特别是我必须执行bwa samsa path_to_ref/ref file1.txt file1.csv > file1.newext）

你可以帮帮我吗？

谢谢您的回答！

Answer 1

在使用变量操作的bash中：

$ for f in test/* ; do t="${f##*/}";  echo "$f" test2/"${t%.txt}".csv ; done
test/file1.txt test2/file1.csv
test/file2.txt test2/file2.csv
test/file3.txt test2/file3.csv

编辑：

实施@DavidC.Rankin的保险建议：

$ touch test/futile
for f in test/*
do 
  t="${f##*/}"
  t="test2/${t%.txt}".csv
  if [ -e "$t" ]
  then 
    echo "$f" "$t"
  fi
done
test/file1.txt test2/file1.csv
test/file2.txt test2/file2.csv
test/file3.txt test2/file3.csv

Answer 2

试试：

for file in path_to_txt/*.txt; do 
   b=$(basename $file .txt)
   cmd path_to_txt/$b.txt path_to_csv/$b.csv 
done

• 如果此命令不需要，则不要包含调用“cmd”的路径。
• “for”语句如果在.txt文件的目录中运行，则不能包含该路径
• 如果执行时间是必需的，则可以用posix regexp替换basename。看到这里https://stackoverflow.com/a/2664746/4886927