有没有一种（更好的）方法来提取文件名的数字部分以用作矩阵的标量乘数？

Question

我有一组 csv 文件，其中包含相同大小的矩阵，其中第一行和第一列是轴标签（如果有人熟悉的话，它们是荧光激发发射矩阵），无法更改。这些文件均以相同的模式命名（例如 CaL_026-4x-1p0-20Jul23_EEM.csv 、 CaL_027-10x-1p0-20Jul23_EEM.csv ），并且名称包含 .我需要用来乘以单元格 B2:AZ293 的稀释因子。我是 R 初学者，老实说不知道从哪里开始。

我得到了这个部分损坏的 starRdom 脚本，该脚本应该读取这些文件，通过消除噪声和散射来处理它们，然后输出一个更正的文件以用于进一步的数据处理。损坏的部分之一是解释稀释因子的部分，这意味着我的输出文件有时充满了比应有值小 20 倍的值。理想情况下，我希望解决方案是 R 读取文件名，该文件名始终与上面的模式相同，可以提取破折号和 x 之间的数字（我已经修复了这部分，但它很笨重），并且然后使用该数字乘以列表中相应矩阵的单元格 B2:AZ293（例如，上例中 Cal_026 中的单元格 B2:AZ293 应乘以 4，但 Cal_027 中的单元格 B2:AZ293 应乘以 10）。

这是我尝试过的，它真的很笨重，因为我不知道我在做什么！我是一名新研究生，我在本科时学到的编程是针对仪器而不是数据处理:(

我尝试了几种数字提取方法，它对每个数量级使用一次提取效果最好（如果需要，可以轻松添加行以包含更高的数量级）和处理背景扫描的行（技术上是 1x稀释，这就是我所做的），然后从字符串转换为数字：

#Read in EEM data! move folder name to working EEM folder
folder <- "path/subfolder" #accesses the EEM folder where data for specific instrument run is stored
eem_list <- eem_read("path/subfolder", recursive = FALSE, import_function = "aqualog") #reads EEMs in
#account for dilution factor corrections here!
dilution <- list.files("path/subfolder")
dilution<-str_replace(x, pattern = ".*-(.)x.*", replacement = "\\1")
dilution<-str_replace(x, pattern = ".*-(..)x.*", replacement = "\\1")
dilution<-str_replace(dilution, pattern = "MQblank.*", replacement = "1")
dilution <-as.numeric(dilution)

eem_overview_plot(eem_list, spp=9, contour = TRUE) #plots EEM data

现在理论上 eem_list 应该可以乘以稀释向量，但我不知道如何做到这一点或如何将其限制为细胞的子集？我需要向量中的第一个条目来仅乘以第一个矩阵的单元格 B2:AZ293（如果在 Excel 中打开）。 。 我的意思是：模拟矩阵部分乘以稀释因子的矩阵前后。 A1:A293 和 A1:AZ1 不变，但 B2:AZ293 已乘以 4

尝试这样做

dilution <-as.numeric(dilution)
#multiply file by dilution factor
eemlist <- for(i in 1:length(eem_list)){
  for(j in 1:length(dilution)){
    eem_list <-i[2:293,2:51]*j
  }
}

它会吐出错误“i[2:293, 2:51] 中的错误：维数不正确”，我想这意味着我不能只做其中的一部分？或者也许我误解了它应该如何工作。大家有什么想法吗？

Answer 1

这是部分答案，因为我不相信它能解决您的问题。您所拥有的代码在几个方面存在问题。

创建

dilution

对象的部分引用了

x

对象，但是

x

没有在任何地方定义，因此无法判断它是否有效（我认为这是因为定义它的代码没有在你的问题）。我假设确实如此，并且

dilution

对象与

eemlist

对象的长度相同。

for

循环没有意义——你没有将它分配给一个对象。相反，您可以对对象的第

i

元素进行赋值，执行类似

的操作

for (i in 1:length(myobj)) {
  myobj[i] <- some_function(i)
}

此外，您会收到此错误，因为

i

表示从 1 迭代到对象长度的数值。所以

i[2:293,2:51]

没有任何意义。我认为你的意思是

eemlist[[i]][2:293,2:51]

如果

eemlist

是一个矩阵列表。

以下代码举例说明了我认为您想要实现的目标。第一点只是为了使示例可重现，并不意味着在您的实际情况中使用（矩阵仅由

1

组成，以使输出易于查看）：

mymx_list <- list()

for (i in 1:5) {
  mymx_list[[i]] <- matrix(1, nrow = 392, ncol = 51)
}

dilution <- 5:9

以下将相应地将稀释向量的每个元素乘以

mymx_list

中的每个矩阵。

for (i in seq_along(mymx_list)) {
  mymx_list[[i]][2:392, 2:51] <- mymx_list[[i]][2:392, 2:51] * dilution[i]
}

# To see the result
mymx_list