系统发育树成对距离计算中的内存管理

Question

我有一个元代谢物树状图（FTICR-MS 数据），我正在测量成对分支长度以使用随机分布创建空值。我正在使用 Bob Danczak 的脚本here，它使用

cophenetic()

来计算成对距离，然后运行 for 循环来计算随机分布。我的输入是一个 46.1 MB 的大列表 (

phylo

)。正确的是，我收到了错误：

Error in dist.nodes(x) : tree too big

，但我确实需要计算这些距离。有哪些内存管理技术可以避免这个问题？我确信这是软件包的问题，而不是我的电脑（8 核，64G RAM）的问题，尽管我对电脑从来没有 100% 的信心！

Answer 1

我发现的另一个选择（除了退后一步并重新思考我的系统发育树之外）是使用 iCAMP 并行计算：

library(iCAMP)
pd.big=iCAMP::pdist.big(tree = tree, wd=save.wd, nworker = nworker, memory.G = memory.G)