根据文档（https://docs.microsoft.com/en-us/azure/storage/common/storage-introduction），我理解文件存储可用于存储日志，图片等。文档还提到了HTML文件。这是否也意味着作为源代码一部分的CSS，JS，Images等文件应该存储在Azure文件存储中，还是只存储构成应用程序数据的文件？
Azure存储只是...存储。真的，把你想要的东西放在那里。您可以存储高达4.7TB的对象。它是持久的存储（三重复，非易失性）。并具有不同的地理复制选项。
Azure存储中的任何对象都可以通过编程方式访问，或通过直接uri访问。因此，您可以使用存储来包含应用程序的资源（图像，样式表，您选择的任何内容）。但是，如果存储源代码，则必须构建一些将源代码下载到目标（例如VM）的方法，然后从那里编译/运行它。您如何做到这一点取决于您和您部署代码的方法。 （注意：我不是在提倡这样做;只是指出这一点）。
Azure存储不是文件系统或操作系统的一部分;您无法执行驻留在Azure存储中的代码。
并且...... Azure存储对Web应用程序，虚拟机，功能或任何其他服务是独立的（作为服务）。当然，您可以从任何这些服务中自由访问Azure存储。虚拟机将Azure存储用于其操作系统和数据磁盘。但是......它只是一个通用的存储服务。
你选择存放的东西完全取决于你。
由于您要在Azure上托管Web应用程序，因此需要将Web应用程序部署到Azure。
对于你的问题：
我应该在Azure文件存储中存储哪些文件？
首先，我想解释一下，Web应用程序不仅存储在Azure存储帐户中。
例如，您可以将ZIP文件上载到存储帐户，然后使用它来部署Web应用程序。但是Azure Web App服务它将提取它并将其部署到App服务计划。因此，在部署之后，您可以从存储帐户中删除它。
其次，我想说明您需要上传Web应用程序的整个源文件进行部署。 Azure在App服务计划上托管您的Web应用程序，它看起来就像一个VM。您应该将您的应用程序文件上传到Azure并运行它。
此外，如果您的应用程序需要连接其他资源，您可以使用VNet并设置VPN网关来实现这一点。实际上，当Web App运行时，该文件存储在App服务计划中。