如何使用 R 中的 terra::rast() 和 terra::extract 函数从多个子集 Netcdf 文件中提取海面密度的点数据

Question

数据描述

我从哥白尼网站下载了 MULTIOBS_GLO_PHY_S_SURFACE_MYNRT_015_013 2012 年至 2024 年每日海面密度数据。一个人一次只能下载2年的数据；因此，我有五个 .nc 文件，时间跨度超过 12 年。

哥白尼网站

https://data.marine.copernicus.eu/product/MULTIOBS_GLO_PHY_S_SURFACE_MYNRT_015_013/download

所需输出

我的目标是从 netcdf 文件中提取 2012 年至 2024 年我们在实地工作期间进行的特定调查日期的点数据，并将这些值作为列插入到我的数据框中。

问题

当我运行 SSS 行从 netcdf 文件中选择可变海面密度时，收到此错误消息

Error: Not compatible with requested type: [type=character; target=double].

我已经使用完全相同的方法从 Lm3 AQUA MODIS 文件中成功提取了叶绿素-a 和海面温度点数据，但我不明白我在海面盐度方面做错了什么。

由于所有权问题，我无法共享数据框

非常感谢，如果有人可以提供帮助

代码

读取所有 5 个 netcdf 文件以获得海面密度

#SS1: January 1st 2012 to December 31st 2014

sss1<-terra::rast("~/Documents/cmems_obs-mob_glo_phy-sss_my_multi_P1D_1729236771868.nc")
plot(sss1)
sss1<-subset(sss1, 1:1096)

#SS2: January 1st 2015 to December 31st 2017

ss2<-terra::rast("~/Documents/cmems_obs-mob_glo_phy-sss_my_multi_P1D_1729236939325.nc")

#Subset to extract sea surface density only 
ss2<-subset(ss2, 1:1096)

#SS3: January 1st 2018 to December 31st 2020

ss3<-terra::rast("~/Documents/cmems_obs-mob_glo_phy-sss_my_multi_P1D_1729237129644.nc")

#Subset to extract sea surface density only 
ss3<-subset(ss3, 1:1096)

#SS4: January 1st 2021 to December 16th 2023

ss4<-terra::rast("~/Documents/cmems_obs-mob_glo_phy-sss_my_multi_P1D_1729252813869.nc")

#Subset to extract sea surface density only 
ss4<-subset(ss3, 1:1080)


#SS5: December 17th 2023 to October 12th 2024

ss5<-terra::rast("~/Documents/cmems_obs-mob_glo_phy-sss_nrt_multi_P1D_1729253007917.nc")

#Subset to extract sea surface density only 
ss5<-subset(ss3, 1:301)

将 2012 年 1 月到 2024 年 10 月 12 日的所有子集 netcdf 文件连接在一起

total_sss<-c(sss1, ss2, ss3, ss4, ss5)

提取点数据

#Select the sea surface density variable from the netcdf files 
SSSs <- terra::rast(total_sss, "dos")

#Make the dataframe a spatial object of class = "sf" with a CRS of 4326
Ds_Points <- st_as_sf(x=MyDf, 
                      coords = c("Longitude_E_DD", "Latitude_N_DD"), 
                      crs = 4326)
    
#Extract the SSS values from the netcdf files 
SSSs_Data <- terra::extract(SSSs, Ds_Points)

#Add the SSS results to the dataframe with the function cbind 
MyDf <- cbind(MyDf, SSS = SSSs_Data$dos)

这是'total_sss'中存储的信息

class       : SpatRaster 
dimensions  : 189, 154, 4669  (nrow, ncol, nlyr)
resolution  : 0.125, 0.125  (x, y)
extent      : 28.75, 48, 8.625, 32.25  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : lon/lat WGS 84 
sources     : cmems_obs-mob_glo_phy-sss_my_multi_P1D_1729236771868.nc:dos  (1096 layers) 
              cmems_obs-mob_glo_phy-sss_my_multi_P1D_1729236939325.nc:dos  (1096 layers) 
              cmems_obs-mob_glo_phy-sss_my_multi_P1D_1729237129644.nc:dos  (1096 layers) 
              ... and 2 more source(s)
varnames    : dos (Sea surface density) 
              dos (Sea surface density) 
              dos (Sea surface density) 
              ...
names       : dos_d~=-0_1, dos_d~=-0_2, dos_d~=-0_3, dos_d~=-0_4, dos_d~=-0_5, dos_d~=-0_6, ... 
unit        :       kg/m3,       kg/m3,       kg/m3,       kg/m3,       kg/m3,       kg/m3, ... 
time        : 2012-01-01 to 2020-12-31 UTC 

这是SS1中存储的信息

class       : SpatRaster 
dimensions  : 189, 154, 1096  (nrow, ncol, nlyr)
resolution  : 0.125, 0.125  (x, y)
extent      : 28.75, 48, 8.625, 32.25  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : lon/lat WGS 84 
source      : cmems_obs-mob_glo_phy-sss_my_multi_P1D_1729236771868.nc:dos 
varname     : dos (Sea surface density) 
names       : dos_d~=-0_1, dos_d~=-0_2, dos_d~=-0_3, dos_d~=-0_4, dos_d~=-0_5, dos_d~=-0_6, ... 
unit        :       kg/m3,       kg/m3,       kg/m3,       kg/m3,       kg/m3,       kg/m3, ... 
time        : 2012-01-01 to 2014-12-31 UTC 

Answer 1

更换：

SSSs <- terra::rast(total_sss, "dos")

与

SSSs <- terra::subset(total_sss, 1)

或与

SSSs <- total_sss[[1]]

理论上

total_sss$dos

也应该有效。请查看

terra:subset()

功能。

顺便说一句，要临时共享文件，您可以使用 google Drive/github。