R 中的 Ghap 包，ghap.anctrain 函数聚合错误

Question

R 中用于全基因组单倍型分析的 GHap 包的 ghap.anctrain 函数显示以下错误“aggregate.formula 中的错误（公式 = geno ~ pop，数据 = dfp，FUN = 平均值）： 参数“x”丢失——它已从“公式”重命名” 该错误似乎与aggregate.formula 中的修改有关。这个问题能解决吗？ 我正在使用 R 4.3.1。 GHap 软件包版本为 3.0.0。 谢谢您的意见！

我尝试将聚合函数与 ghap.anctrain 一起使用，但错误不断出现。

Answer 1

解决这个问题的懒惰方法：

下载包的源代码：

https://cran.r-project.org/src/contrib/GHap_3.0.0.tar.gz

解压包并修复第168行：

“GHap_3.0.0.tar\GHap_3.0.0\GHap\R nctrain.R”

res <- aggregate(formula = geno ~ pop, data = dfp, FUN = mean)

将“公式”替换为“x”。

res <- aggregate(x = geno ~ pop, data = dfp, FUN = mean)

最后，使用

source

调用脚本中的固定函数：

source("path/to/the/fixed/anctrain.R")