如何获取snakemake作业退出的确切退出代码？

Question

当 Snakemake 作业出现非零退出代码错误时，snakemake 会打印：

(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)

Exiting because a job execution failed. Look above for error message

如何找出确切退出代码是什么？我想知道作业退出时的错误代码，即

1

、

138

等。

我很惊讶snakemake没有显式报告退出代码，因为显式比隐式更好。

Answer 1

在文档中提供了以特定非零状态代码退出的示例，我已将其包含在下面。您也许可以使用类似的逻辑来打印退出代码。

shell:
    """
    set +e
    somecommand ...
    exitcode=$?
    if [ $exitcode -eq 1 ]
    then
        exit 1
    else
        exit 0
    fi
    """

例如，您可以输出

$?

来获取退出代码。