“在无法正常运行的仿生海狸R R 3.6上安装rJava时出现错误消息”>

Question

我有一个非常普遍的问题，那就是rJava无法在Ubuntu上正确安装。仅在几个地方here，here，here中讨论了这个问题。

基本问题是在安装rJava软件包时，会产生以下错误消息

configure: error: Unable to run a simple JNI program. Make sure you have configured R with Java support (see R documentation) and check config.log for failure reason.
Warning in system(cmd) : error in running command
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/jonno/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rJava’
有许多与此问题密切相关的解决方案。他们中的大多数使用sudo R CMD javareconf为R配置Java（also a -e variant）。 -e建议在环境变量（Some）中设置JAVA_HOME路径。 others say not to建议卸载并重新安装R，而Others建议从cran安装rJava。有几个人推荐others。这些解决方案还有其他变体。

我已经尝试了以上所有方法的组合，但是却无济于事，所以显然做错了。

输入update alternatives返回

echo $JAVA_HOME

我的等/环境看起来像这样

/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64
当我运行R CMD javaconf时，看起来像这样

PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/$
MKL_THREADING_LAYER=GNU
JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64"
我在做什么错，如何正确安装rJava？

我有一个非常普遍的问题，那就是rJava无法在Ubuntu上正确安装。在这里，这里，这里，仅举几个例子，已经讨论了这个问题。基本的问题是在...

Answer 1

我调查了原始海报（我们在同一地方工作），问题在于，在OpenJDK11中，它们在JVM所驻留的某些

Java interpreter : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/java
Java version     : 11.0.4
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64
Java compiler    : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/jar

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include/linux    -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-uuRxut/r-base-3.6.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c conftest.c -o conftest.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR


JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

文件中移动，尤其是在Ubuntu软件包中的.so文件中。现在位于libjvm.so。