conda更新后，使用matplotlib时python内核崩溃

Question

我用

conda

创建了这个简单的环境：

conda create -n test python=3.8.5 pandas scipy numpy matplotlib seaborn jupyterlab

jupyter lab

中的以下代码会使内核崩溃：

import matplotlib.pyplot as plt

plt.subplot()

我在

Linux

上没有遇到问题。问题是当我试戴时

Windows 10

。

jupyter lab

控制台（我启动服务器的地方）上没有错误，我不知道在哪里调查。

Answer 1

更新2021-11-06

对于 Windows，
```
pkgs/main
```
的默认
```
conda
```
通道已恢复为使用
```
freetype 2.10.4
```
，根据 main / packages / freetype。
如果您仍然遇到问题，请使用
```
conda list freetype
```
检查版本：
```
freetype != 2.11.0
```
- 如果是
```
2.11.0
```
  ，则根据解决方案更改版本，或
```
conda update --all
```
  （前提是您的默认频道未在
```
.condarc
```
  配置文件中更改）。

解决方案

如果自 2021 年 10 月 27 日起安装 Anaconda、更新
```
conda
```
或
```
freetype
```
后发生这种情况。
在任何受影响的环境中转至
```
Anaconda
```
提示并降级
```
freetype 2.11.0
```
。
- ```
conda install freetype=2.10.4
```
与使用
```
matplotlib
```
的任何软件包和任何 IDE 相关
- 例如，
```
pandas.DataFrame.plot
```
  和
```
seaborn
```
- Jupyter、Spyder、VSCode、PyCharm、命令行。

发现

使用 10 月 29 日星期五发布的
```
conda
```
的最新更新进行更新后出现问题。
使用
```
conda update --all
```
更新后，任何 IDE（不仅仅是
```
matplotlib
```
）中与
```
Jupyter
```
相关的任何内容都会出现问题。
- 我在命令提示符下的
```
JupyterLab
```
  、
```
PyCharm
```
  和
```
python
```
  中对此进行了测试。
- PyCharm：
```
Process finished with exit code -1073741819
```
- JupyterLab：内核刚刚重新启动，没有相关错误或回溯
- 命令提示符：将短暂出现一个空白的交互式 matplotlib 窗口，然后出现一个新的命令行。
问题似乎出在
```
conda update --all
```
中的
```
(base)
```
，然后任何使用
```
matplotlib
```
的绘图 API（例如
```
seaborn
```
和
```
pandas.DataFrame.plot
```
）都会在任何环境中杀死内核。
我必须重新安装 Anaconda，但是不要更新
(base)
，然后我的其他环境就可以工作了。
我还没有弄清楚具体是什么导致了这个问题。
我用
```
python 3.8.12
```
和
```
python 3.9.7
```
当前测试：
- 以下是
```
conda
```
  修订日志。
- 在
```
conda update --all
```
  之前，此环境正常工作，但更新后，使用
```
matplotlib
```
  进行绘图会导致 python 内核崩溃

  2021-10-31 10:47:22  (rev 3)
     bokeh  {2.3.3 (defaults/win-64) -> 2.4.1 (defaults/win-64)}
     click  {8.0.1 (defaults/noarch) -> 8.0.3 (defaults/noarch)}
     filelock  {3.0.12 (defaults/noarch) -> 3.3.1 (defaults/noarch)}
     freetype  {2.10.4 (defaults/win-64) -> 2.11.0 (defaults/win-64)}
     imagecodecs  {2021.6.8 (defaults/win-64) -> 2021.8.26 (defaults/win-64)}
     joblib  {1.0.1 (defaults/noarch) -> 1.1.0 (defaults/noarch)}
     lerc  {2.2.1 (defaults/win-64) -> 3.0 (defaults/win-64)}
     more-itertools  {8.8.0 (defaults/noarch) -> 8.10.0 (defaults/noarch)}
     pyopenssl  {20.0.1 (defaults/noarch) -> 21.0.0 (defaults/noarch)}
     scikit-learn  {0.24.2 (defaults/win-64) -> 1.0.1 (defaults/win-64)}
     statsmodels  {0.12.2 (defaults/win-64) -> 0.13.0 (defaults/win-64)}
     sympy  {1.8 (defaults/win-64) -> 1.9 (defaults/win-64)}
     tqdm  {4.62.2 (defaults/noarch) -> 4.62.3 (defaults/noarch)}
     xlwings  {0.24.7 (defaults/win-64) -> 0.24.9 (defaults/win-64)}

问题似乎是
```
freetype
```
- 从
```
2.11.0
```
  降级到
```
2.10.4
```
  解决了问题并使环境与
```
matplotlib
```
去发布错误报告，发现有 [Bug]：Matplotlib crashes Python #21511

Answer 2

对于任何降级到

freetype=2.10.4

不起作用的人。就我而言，问题是在从

scikit-learn=1.11

频道安装新版本的

conda-forge

后发生的。在尝试了多种选择后，以下对我有用：

将
```
numpy
```
从
```
main/pkg
```
重新安装到
```
conda-forge
```
频道
重新安装
```
mkl
```
软件包
```
conda -c intel mkl
```
从
```
matplotlib=4.3
```
```
重新安装 
```
conda-forge

这是一项相当严厉的措施，因为你必须重新安装所有依赖 NumPy 的依赖项（Pandas、TensorFlow 等），但这是唯一对我有用的依赖项。

Answer 3

2023 年 3 月 2 日更新：

这是我的内核死后捕获的输出：

OMP：错误#15：正在初始化libiomp5md.dll，但发现libiomp5md.dll 已经初始化了。

OMP：提示：这意味着 OpenMP 运行时的多个副本具有已链接到程序中。这是危险的，因为它会降解性能或导致不正确的结果。最好的办法就是确保只有一个 OpenMP 运行时链接到进程中，例如通过避免在任何库中静态链接 OpenMP 运行时。作为不安全、不受支持、无文档记录的解决方法，您可以设置环境变量 KMP_DUPLICATE_LIB_OK=TRUE 允许程序继续执行，但这可能会导致崩溃或默默产生结果不正确。欲了解更多信息，请参阅 http://www.intel.com/software/products/support/。

我遇到了类似的问题，我通过从 Anaconda 环境文件夹路径此目录中删除 libiomp5md.dll 重复文件来修复它：

C:\Users\你的用户名.conda nvs\your_env_name\Library in\libiomp5md.dll

实际上降级

freetype

对我来说不起作用。您可以将“libiomp5md.dll”添加回原始文件，它可以修复内核暂时死亡但导致OMP错误的问题。

Answer 4

我遇到了同样的问题，经过大量的调查和故障排除后，修复非常简单：

conda update -c anaconda numpy

conda upgrade -c conda-forge matplotlib

之后它运行良好，我的视觉效果绘制没有问题。

Answer 5

只有这个命令解决了我的问题

 pip install numpy --upgrade

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