我正在使用Bokeh库生成和弦图。图表本身生成或多或少就好了,但我很难弄清楚如何更改调色板。据我所知,Bokeh中的大多数图表都可以有一个可选的palette
参数,但添加它不会改变调色板。我错过了什么吗?
import bokeh
from bokeh.charts import Chord
from bokeh.io import show, output_file
from bokeh.palettes import inferno
chord_diagram = Chord(forchord, source='nameA', target='nameB', palette= inferno(256))
show(chord_diagram)
如果一些数据会有所帮助:
nameA_lst = ['Creb5','Creb5','JDP2(var.2)','JDP2(var.2)',
'Creb5','JDP2(var.2)','ATF7','ATF','ATF7','Creb5']
nameB_lst = ['STAT3','STAT1','STAT3','STAT1','Stat4',
'Stat4','STAT3','STAT1','Stat4','Stat5a::Stat5b']
forchord = pd.DataFrame({'nameA': nameA_lst, 'nameB': nameB_lst})
forchord.head()
nameA nameB
0 Creb5 STAT3
1 Creb5 STAT1
2 JDP2(var.2) STAT3
3 JDP2(var.2) STAT1
4 Creb5 Stat4
接受的答案有点过时,因为bokeh.charts
已被弃用(What to use instead of bokeh.charts),而你可以使用使用色彩图的Holoviews,如下所述:http://holoviews.org/user_guide/Colormaps.html