最终我明白了这一点并且它起作用了。
bash 脚本:
#!/bin/bash
#$ -V
#$ -cwd
#$ -o $HOME/sge_jobs_output/$JOB_ID.out -j y
#$ -S /bin/bash
#$ -l mem_free=4G
c=$SGE_TASK_ID
cd /home/xxx/scratch/test/
FILENAME=`head -$c testlist|tail -1`
python testpython.py $FILENAME
python脚本:
#!/bin/python
import sys,os
path='/home/xxx/scratch/test/'
name1=sys.argv[1]
job_id=os.path.join(path+name1)
f=open(job_id,'r').readlines()
print f[1]
谢谢
导出的 bash 变量实际上是环境变量。 您可以通过具有类似字典的界面的 os.environ 对象来获取它们。 请注意,Bash 中有两种类型的变量:当前进程本地的变量和子进程继承的变量。 您的 Python 脚本是一个子进程,因此您需要确保
export
您希望子进程访问的变量。
要回答您原来的问题,您需要首先导出变量,然后使用
os.environ
从 python 脚本中访问它。
##!/bin/bash
#$ -V
#$ -cwd
#$ -o $HOME/sge_jobs_output/$JOB_ID.out -j y
#$ -S /bin/bash
#$ -l mem_free=4G
c=$SGE_TASK_ID
cd /home/xxx/scratch/test/
export FILENAME=`head -$c testlist|tail -1`
chmod +X testpython.py
./testpython.py
#!/bin/python
import sys
import os
for arg in sys.argv:
print arg
f=open('/home/xxx/scratch/test/' + os.environ['FILENAME'],'r').readlines()
print f[1]
或者,您可以将变量作为命令行参数传递,这就是您的代码现在所做的。 在这种情况下,您必须查看
sys.argv
,它是传递给脚本的参数列表。 它们按照您在调用脚本时指定的顺序出现在 sys.argv
中。 sys.argv[0]
始终包含正在运行的程序的名称。 后续条目包含其他参数。 len(sys.argv)
表示脚本收到的参数数量。
#!/bin/python
import sys
import os
if len(sys.argv) < 2:
print 'Usage: ' + sys.argv[0] + ' <filename>'
sys.exit(1)
print 'This is the name of the python script: ' + sys.argv[0]
print 'This is the 1st argument: ' + sys.argv[1]
f=open('/home/xxx/scratch/test/' + sys.argv[1],'r').readlines()
print f[1]
在你的脚本中使用它(根据 Aarons 的建议进行编辑):
def main(args):
do_something(args[0])
if __name__ == "__main__":
import sys
main(sys.argv[1:])
查看解析 Python 参数。你的 bash 代码就可以了,只需要编辑你的 Python 脚本来接受参数即可。
脚本的命令行参数可作为
sys.argv
列表使用。