我正在尝试从R Packages建立Hadley的书“source”。我已经下载并解压缩了源码，并且已经将Getting started（带有一些修改）的代码和r-pkgs-first-edition-freeze\book\build-book.r中的代码组合起来构建了本书（本文的原始代码）。来自Getting started的代码的第一部分按预期工作：
# install.packages(c("devtools", "roxygen2", "testthat", "knitr")) # orginal code
library(devtools); library(roxygen2); library(testthat); library(knitr) # what I'm using
# install.packages("rstudioapi") # orginal code
library(rstudioapi) # what I'm using
rstudioapi::isAvailable("0.99.149")
[1] TRUE # expected result
在下一部分中，has_devel()没有给出Getting started中描述的详细输出，但它也没有抛出错误，并且.Last.value == TRUE正如预期的那样，所以我觉得我没关系：
devtools::install_github("r-lib/devtools")
has_devel()
.Last.value
[1] TRUE
来自Getting started的代码的最后一部分也有效。与Getting started中列出的相比，我的许多软件包都是新版本，但我不认为这是我后续问题的根源。
library(roxygen2)
library(testthat)
devtools::session_info()
─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────
setting value
version R version 3.5.1 (2018-07-02)
os Windows 7 x64 SP 1
system x86_64, mingw32
ui RStudio
language (EN)
collate English_United States.1252
tz America/Chicago
date 2019-04-10
─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────
package * version date source
assertthat 0.2.0 2017-04-11 CRAN (R 3.5.1)
backports 1.1.2 2017-12-13 CRAN (R 3.5.0)
callr 2.0.4 2018-05-15 CRAN (R 3.5.1)
cli 1.0.0 2017-11-05 CRAN (R 3.5.1)
clisymbols 1.2.0 2017-05-21 CRAN (R 3.5.1)
commonmark 1.5 2018-04-28 CRAN (R 3.5.1)
crayon 1.3.4 2017-09-16 CRAN (R 3.5.1)
desc 1.2.0 2018-05-01 CRAN (R 3.5.1)
devtools * 2.0.2.9000 2019-04-11 Github (r-lib/devtools@ab6c878)
digest 0.6.15 2018-01-28 CRAN (R 3.5.1)
evaluate 0.11 2018-07-17 CRAN (R 3.5.1)
fs 1.2.5 2018-07-30 CRAN (R 3.5.1)
glue 1.3.0 2018-07-17 CRAN (R 3.5.1)
htmltools 0.3.6 2017-04-28 CRAN (R 3.5.1)
knitr * 1.20 2018-02-20 CRAN (R 3.5.1)
magrittr 1.5 2014-11-22 CRAN (R 3.5.1)
memoise 1.1.0 2017-04-21 CRAN (R 3.5.1)
oldbookdown * 0.1 2019-04-11 Github (hadley/oldbookdown@0ffc6fb)
pkgbuild 1.0.3 2019-04-11 Github (r-lib/pkgbuild@79cb7a0)
pkgload 1.0.1.9000 2019-04-11 Github (r-lib/pkgload@0ef4f58)
prettyunits 1.0.2 2015-07-13 CRAN (R 3.5.1)
processx 3.1.0 2018-05-15 CRAN (R 3.5.1)
R6 2.2.2 2017-06-17 CRAN (R 3.5.0)
Rcpp 0.12.18 2018-07-23 CRAN (R 3.5.1)
remotes 2.0.3 2019-04-09 url
RevoUtils * 11.0.1 2018-08-01 local
RevoUtilsMath * 11.0.0 2018-08-01 local
rlang 0.2.1 2018-05-30 CRAN (R 3.5.1)
rmarkdown * 1.10 2018-06-11 CRAN (R 3.5.1)
roxygen2 * 6.1.0 2018-07-27 CRAN (R 3.5.1)
rprojroot 1.3-2 2018-01-03 CRAN (R 3.5.1)
rstudioapi * 0.7 2017-09-07 CRAN (R 3.5.1)
sessioninfo 1.0.0 2017-06-21 CRAN (R 3.5.1)
stringi 1.2.4 2018-07-20 CRAN (R 3.5.1)
stringr 1.3.1 2018-05-10 CRAN (R 3.5.1)
testthat * 2.0.0 2017-12-13 CRAN (R 3.5.1)
usethis * 1.4.0 2018-08-14 url
withr 2.1.2 2018-03-15 CRAN (R 3.5.1)
xml2 1.2.0 2018-01-24 CRAN (R 3.5.1)
yaml 2.2.0 2018-07-25 CRAN (R 3.5.1)
build-book.r代码的第一部分适合我：
install_github("hadley/oldbookdown@0ffc6fb") # code I needed to add
library(oldbookdown)
library(rmarkdown)
# Render chapters into tex ------------------------------------------------
needs_update <- function(src, dest) {
if (!file.exists(dest)) return(TRUE)
mtime <- file.info(src, dest)$mtime
mtime[2] < mtime[1]
}
render_chapter <- function(src) {
dest <- file.path("book/tex/", gsub("\\.rmd", "\\.tex", src))
if (!needs_update(src, dest)) return()
message("Rendering ", src)
command <- bquote(rmarkdown::render(.(src), oldbookdown::tex_chapter(),
output_dir = "book/tex", quiet = TRUE, env = globalenv()))
writeLines(deparse(command), "run.r")
on.exit(unlink("run.r"))
source_clean("run.r")
}
source_clean <- function(path) {
r_path <- file.path(R.home("bin"), "R")
cmd <- paste0(shQuote(r_path), " --quiet --file=", shQuote(path))
out <- system(cmd, intern = TRUE)
status <- attr(out, "status")
if (is.null(status)) status <- 0
if (!identical(as.character(status), "0")) {
stop("Command failed (", status, ")", call. = FALSE)
}
}
chapters <- dir(".", pattern = "\\.rmd$")
但是当我尝试实际渲染章节时，代码失败了：
lapply(chapters, render_chapter)
Rendering check.rmd
Error: Command failed (1)
In addition: Warning message:
In system(cmd, intern = TRUE) :
running command '"C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R" --quiet --file="run.r"' had status 1
Called from: source_clean("run.r")
Browse[1]
系统调用失败，但由于我不知道Windows调用"C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R" --quiet --file="run.r"应该做什么，我不知道如何解决这个问题。我尝试将r_path <- file.path(R.home("bin"), "R")更改为r_path <- file.path(R.home("bin"))（因为C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64中没有“R”目录），但我仍然得到以下错误：
lapply(chapters, render_chapter)
Rendering check.rmd
Error in system(cmd, intern = TRUE) :
'"C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64"' not found
我也尝试将file.path(R.home("bin"), "R")更改为file.path(R.home("bin"), "R")，因为此目录中有一个“R.exe”可执行文件，也没有运气。任何指导将不胜感激。
其他信息，作为对@onlyphantom的回应：看来R.home("bin")发现的破碎路径也影响了其他系统变量，包括R_DOC_DIR和R_HOME。但PATH指向正确的位置，C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.5.1\bin\x64。
file.path(R.home("bin"))
[1] "C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64"
Sys.getenv() # returned values below are redacted
APPDATA C:\Users\JT\AppData\Roaming
HOME C:/Users/JT/R/Projects
HOMEDRIVE C:
HOMEPATH \Users\JT\R
LOCALAPPDATA C:\Users\JT\AppData\Local
PATH C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.5.1\bin\x64;...
ProgramData C:\ProgramData
ProgramFiles C:\Program Files
ProgramFiles(x86) C:\Program Files (x86)
R_DOC_DIR C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/doc
R_HOME C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1
R_LIBS_USER C:/Program Files/Microsoft/R Open/R-3.5.1/library
R_USER C:/Users/JT/R
我尝试卸载然后重新安装R Open，但仍然得到这个：
file.path(R.home("bin"), "R")
[1] "C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R"
我尝试切换到常规R（而不是R Open）并继续遇到同样的问题。
Windows命令行问题：我一步一步地浏览R代码以找到问题的确切位置。它发生在render_chapter()称为source_clean("run.r")，最终称为out <- system(cmd, intern = TRUE)。 cmd（chapters的第一个对象）是"C:\Program Files\R\R-3.5.3\bin\x64\R" --quiet --file="run.r"。当我打开Windows命令提示符并运行此代码时，我得到以下内容：
C:\>cd C:\Users\JT\R\Books\r-pkgs-first-edition-freeze
C:\Users...freeze>"C:\Program Files\R\R-3.5.3\bin\x64\R" --quiet --file="run.r"
> rmarkdown::render("check.rmd", oldbookdown::tex_chapter(), output_dir = "book/tex",
+ quiet = TRUE, env = globalenv())
--chapters has been removed. Use --top-level-division=chapter instead.
Try pandoc.exe --help for more information.
Error: pandoc document conversion failed with error 2
Execution halted
当我运行pandoc.exe --help时，我看到一个条目--top-level-division=section|chapter|part。切换到--chapters后发生在pandocs v1.17.2之后，所以我卸载了当前的版本并安装了pandocs v1.17.2。我认为这解决了问题，但创造了一个新问题。我现在得到这个错误（使用路径名的短或长形式）：
C:\Users...freeze>"C:/PROGRA~1/R/R-35~1.3/bin/x64/R" --quiet --file="run.r"
#or#
C:\Users...freeze>"C:\Program Files\R\R-3.5.3\bin\x64\R" --quiet --file="run.r"
> rmarkdown::render("check.rmd", oldbookdown::tex_chapter(), output_dir = "book/
tex",
+ quiet = TRUE, env = globalenv())
pandoc.exe: Unknown reader: markdown_style
Error: pandoc document conversion failed with error 7
Execution halted
我的假设是旧版本的pandocs与新的markdown_style不兼容。因此，我将尝试安装最新版本的pandocs，然后编辑run.r文件以将--chapters更改为--top-level-division=section|chapter|part。如果这是一个愚蠢的想法，请告诉我。
问题在于错误的R主目录。 C:/PROGRA~1只是short form of path elements，并且真正指向C:/PROGRAM FILES/...。
R-35~1.1也一样，它指向/R/R-3.5.1或其他东西。这只是一个“简称”。
系统调用失败，但由于我不知道Windows调用什么“C：/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R”--quiet --file =“run.r”应该这样做，我不知道如何解决这个问题。
您的脚本包含以下代码：
source_clean <- function(path) {
r_path <- file.path(R.home("bin"), "R")
...
}
此时r_path的值是C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R，这可能是由于之前（或失败）的R Open安装造成的。
我尝试将r_path < - file.path（R.home（“bin”），“R”）更改为r_path < - file.path（R.home（“bin”））（因为没有“R”目录C：/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64），但我仍然得到以下错误：“C：/ PROGRA~1 / MIE74D~1 / ROPEN~1 /没找到R-35~1.1 / bin / x64“'
你可以做的是将r_path直接设置到包含R安装的目录。打开R（在Rstudio或R控制台中）并验证：
file.path(R.home("bin"))
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin"
Sys.getenv("R_HOME")
"/Library/Frameworks/R.framework/Resources"
R.home函数返回R主目录。如果您导航到计算机上的确切位置，您应该会看到R安装的位置。
假设你在这里找到你的R安装C:\Program Files\R\R-3.3.2\bin\x86，然后执行以下操作：
C:\Program Files\R\R-3.3.2\bin\x86）另请参阅this answer和this以获取设置R home路径的提示。
事实证明，有两个问题，当调用lapply(chapters, render_chapter)时，这两个问题都给出了基本相同的错误。它与路径的短版本（即C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R）无关。
首先，oldbookdown::tex_chapter()返回了一个与最新版本的pandocs不兼容的列表。所以我改变了render_chapter函数如下：
render_chapter <- function(src) {
dest <- file.path("book/tex/", gsub("\\.rmd", "\\.tex", src))
if (!needs_update(src, dest)) return()
message("Rendering ", src)
# "changed oldbookdown::tex_chapter()" to "temp"
command <- bquote(rmarkdown::render(.(src), temp, output_dir = "book/tex", quiet = TRUE, env = globalenv()))
# added definition for temp (with appropriate changes to
# oldbookdown::tex_chapter()) to the writeLines() call
writeLines(
c(
"temp <- oldbookdown::tex_chapter()",
'temp$pandoc$from <- "markdown"',
'temp$pandoc$args[1] <- "--top-level-division=chapter"',
deparse(command)
),
"run.r"
)
on.exit(unlink("run.r"))
source_clean("run.r")
}
其次，pandocs在后台调用多个R包，如果没有安装则失败。所以我不得不分别在render_chapter上的每个对象上调用chapters来识别和安装丢失的包。
现在system("xelatex -interaction=batchmode r-packages ")失败了，但这是一个针对不同问题的主题。