保存由phylobase制作的phylo树并将其与附加数据一起绘制

Question

我有一个用系统发育数据库创建的系统发育树，它包含额外的数据（性状）。但我在将其保存为 nex 或 newick 格式时遇到问题。 我尝试用 ape 保存，但 ape 删除了我拥有的所有附加数据。我需要将这些数据与系统发育树一起绘制。 我也尝试过直接绘图而不保存，但这不起作用，因为它是一棵无根树。 我有那棵有根的树。 但我对解决这个问题感到困惑。 我想根据有根树和无根树中的数据来绘制它。然而，这棵无根之树却无法被拯救。 我必须做什么？

绘制系统树和一些特征。

这是我的无根树的屏幕截图

这是我有根的树

Answer 1

从您的图像来看，您的有根树是一个

"phylo"

对象，而不是

"phylo4d"

对象。您可以使用以下方法绘制

"phylo"

对象：

ape::plot.phylo(my_tree)

并使用

write.tree

(newick) 或

write.nexus

(nexus)

保存它们

ape::write.tree(my_tree, file = "my_tree.tre")
ape::write.nexus(my_tree, file = "my_tree.nex")