是否可以通过Python sys.argv模块运行MAFFT命令，例如'mafft_exe'，'in_file'？
我不清楚您要问的是什么，但基于您提供的有限上下文，我假设您正在使用诸如biopython之类的东西作为MAFFT的包装，并且您正在尝试更改传递给MafftCommandline类的参数。
MafftCommandline
在biopython docs中，像这样调用MAFFT可执行包装：