如何输出 pheatmap R 中树状图的相关性/欧氏值？

Question

在R中使用pheatmap，我想知道是否有办法输出聚类中使用的欧几里得距离/相关值？我知道这些是由树状图分支表示的，但我不确定如何添加欧几里得距离的图例或打印出分支的相关值。

library(pheatmap)

pheatmap(
data, 
clustering_distance_cols = "correlation",
main = "Proteome vs Transcriptome",
legend = TRUE,
clustering_distance_rows = "euclidean",
scale = "none"
)

以上是我使用的通用代码。具体来说，我想提取并打印 clustering_distance_cols =“correlation”中的值。如果可能的话，我想为 clustering_distance_rows =“euclidean”添加图例。查看此参数，似乎没有直接的方法来打印该值。

我也愿意学习其他可能具有此功能的软件包。

非常感谢您为此提供的任何建议！

Answer 1

您可以存储

pheatmap

的结果，例如：

my_heatmap <- pheatmap(...)

• 要显示热图，

  print

  （不是

  plot

  ）结果：

print(my_heatmap)

• 要在热图单元格中显示值，请包括：

my_heatmap <- pheatmap(..., display_numbers = TRUE)

• 要分别检查行、列的聚类结果，提取它们如下：

my_heatmap$tree_col

...并像处理任何

hclust

对象一样处理它们（参见

?hclust

），例如。 g.

...绘制树状图

plot(my_heatmap$tree_col)

...或提取集群参数：

my_heatmap$tree_col$height
## [1] 0.4185528 0.8017643 1.4606777 1.6327649