通过 bsub 提交时包含 bash 脚本参数

Question

我有以下 shell 脚本。

#!/bin/bash --login

#BSUB -q q_ab_mpc_work
#BSUB -J psipred
#BSUB -W 01:00
#BSUB -n 64
#BSUB -o psipred.out
#BSUB -e psipred.err
module load compiler/gnu-4.8.0
module load R/3.0.1
export OMP_NUM_THREADS=4

code=${HOME}/Phd/script_dev/rfpipeline.sh
MYPATH=$HOME/Phd/script_dev/
cd ${MYPATH}
${code} myfile.txt

我可以使用bsub将程序提交到集群：

bsub < myprogram.sh

但是我将程序中的最后一行更改为：

${code} $1

我使用命令行参数来指定文件，如何将其传递给 bsub？

我已经尝试过：

bsub < myprogram.sh myfile.text

但是 bsub 不会接受

myfile.text

作为 bash 参数。

我也尝试过

bsub <<< myprogram.sh myfile.text
./myprogram.sh myfile.text | bsub
bsub "sh ./myprogram.sh myfile.text"

我需要做什么？

Answer 1

我可以回答我自己的问题吗？

看来我可以使用 sed 即时修改文件。我的原始文件现在是：

#!/bin/bash --login

#BSUB -q q_ab_mpc_work
#BSUB -J psipred
#BSUB -W 01:00
#BSUB -n 64
#BSUB -o psipred.out
#BSUB -e psipred.err
module load compiler/gnu-4.8.0
module load R/3.0.1
export OMP_NUM_THREADS=4

code=${HOME}/Phd/script_dev/rfpipeline.sh
MYPATH=$HOME/Phd/script_dev/
cd ${MYPATH}
${code} myfile

我编写了一个bash脚本，

sender.sh

，用命令行参数修改变量

myfile

，并将修改后的文件发送到bsub：

#!/bin/bash

# escape the slashes if myfile is a path
inputvar=$(echo $1 | sed 's/\//\\\//g')

sed "s/myfile/$inputvar/g" < myprogram.sh | bsub

小心使用双引号，这样 bash 就不会按字面意思读取

$

。然后我只需运行

./sender.sh jobfile.txt

就可以了！

希望这对任何人都有帮助。

Answer 2

这个答案应该可以解决您的问题：

https://unix.stackexchange.com/questions/144518/pass-argument-to-script-then-redirect-script-as-input-to-bsub

只需在 bsub 命令末尾传递带有参数的脚本即可。

例如。 示例.sh

#!/bin/bash
export input=${1}
echo "arg input: ${input}"

bsub命令：

bsub [bsub args] "path/to/example.sh arg1"