编译使用 mpi (AGMG) 的库

Question

我正在尝试编译库AGMG。

并行示例的 make 文件如下所示：

# MPIopt    = -I/... (where to find mpif.h)
# MUMPSPopt = -I/... (where to find files to be included by 
#                     applications using MUMPS)
# MUMPSlib  = -l...  (link reference for MUMPS)
# SCALAP    = -l...  (link reference for SCALAPACK, needed by MUMPS)
# BLASLAPACK= -l...  (link reference for LAPACK & BLAS)
# MPIlib    = -l...  (link reference for MPI)

在我的 Debian 上找到 mpif.h：

$ ls /usr/lib/openmpi/include/mpi.h 
/usr/lib/openmpi/include/mpi.h

所以我在Makefile中写道：

MPIopt  =   -I/usr/lib/openmpi/include/
MPIlib    = -lmpi

但无论如何，当我尝试编译时，我收到以下错误：

:~/AGMG_3.0/Example_par$ make
cd ../SRC;make dpar
make[1]: Entering directory `AGMG_3.0/SRC'
make[1]: Nothing to be done for `dpar'.
make[1]: Leaving directory `AGMG_3.0/SRC'
gfortran-4.4 -O4 -o Example_par Example_par.o ../SRC/dagmg_par.o   -lmpi 
Example_par.o: In function `MAIN__':
Example_par.f90:(.text+0x77): undefined reference to `mpi_init_'
....
....
....
dagmg_par.f90:(.text+0x19fc9): undefined reference to `mpi_comm_rank_'
dagmg_par.f90:(.text+0x19fdd): undefined reference to `mpi_comm_size_'
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [Example_par] Error 1

我现在很困惑，我尝试过成功，但我遇到了 scaplap 的问题 以及其他要求。 发现头皮：

$ dpkg -L libscalapack-mpi-dev 
/.
/usr
/usr/lib
/usr/lib/libscalapack-openmpi.a

mumps 位于 /usr/lib/libsmumps.a 中，头文件位于 /usr/include/smumps_c.h 中

那么我该如何将所有这些组合在一起呢？

我知道对于更高级的 Fortran 或 C 开发人员来说，这将是微不足道的......

预先感谢您的帮助。

编辑： 我在这里放置了完整的 Makefile 定义，希望对其他人有帮助：

MPIopt = -I/usr/lib/openmpi/include -I/usr/lib/openmpi/lib -L/usr/lib/openmpi/lib -pthread 
MPIlib = -lmpi_f90 -lmpi_f77 -lmpi 
MUMPSPopt = -I/usr/lib/libsmumps.a -I/usr/lib/libdmumps.a
MUMPSlib = -lsmumps  -ldmumps
BLASLAPACK=-L/usr/lib -llapack -lblas 
BLASLAPACK=-L/usr/lib -llapack -lblas 
SCALAP = -L/usr/lib/libscalapack-openmpi.a -lscalapack-openmpi

F90=gfortran-4.6    

这样就构建好了。谢谢各位的回复！

Answer 1

我认为您缺少 fortran MPI 库的东西。您应该使用安装的 mpi 编译器包装器，通常称为 mpif90。如果您想手动指定所有库，您可以使用

查看包装器设置的选项

mpif90 --showme

（对于 openmpi）或一些类似的标志，具体取决于您的 MPI 库。

Answer 2

这些是链接器错误。 看起来您的包含文件已成功获取，但链接器没有看到 MPI 库。 尝试将

MPIlib    = -lmpi

更改为包含

libmpi.a

路径的内容，例如

MPIlib    = -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi

或者，尝试使用 MPI 编译器包装器，如 @haraldkl 所建议。 这些应该负责自动链接到 MPI。