我在安装plyr R包时遇到问题，并出现以下错误：
Installing package into '/home/mousavian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2'
(as 'lib' is unspecified)
* installing *source* package 'plyr' ...
** package 'plyr' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
g++ -I/share/apps/R/lib64/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I"/home/mousavian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/Rcpp/include" -fpic -g -O2 -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
gcc -I/share/apps/R/lib64/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I"/home/mousavian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/Rcpp/include" -fpic -g -O2 -c loop_apply.c -o loop_apply.o
loop_apply.c: In function 'loop_apply':
loop_apply.c:15:3: error: 'for' loop initial declarations are only allowed in C99 or C11 mode
for(int i = 0; i < n1; i++) {
^
loop_apply.c:15:3: note: use option -std=c99, -std=gnu99, -std=c11 or -std=gnu11 to compile your code
make: *** [loop_apply.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package 'plyr'
* removing '/home/mousavian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/plyr'
Warning message:
In install.packages("R packages/plyr_1.8.3.tar.gz", repos = NULL) :
installation of package 'R packages/plyr_1.8.3.tar.gz' had non-zero exit status
当尝试通过install.packages命令从源安装R软件包时，如何使用-std = c99选项？
谢谢
如果尚未存在，请在$ HOME中创建一个目录（在您的情况下为/home/mousavian/.R）。在里面，创建一个Makevars文件（没有扩展名）。使用您喜欢的编辑器编辑此文件并写入：
CC = gcc -std=c99
然后，保存并在启动R后，运行
install.packages("plyr", dependencies = TRUE)
它应该与gcc -std=c99编译。
默认的/etc/R/Makeconf包括CC = gcc -std=gnu99（R 3.3.2以及可能大多数或所有其他最新版本，但我认为正在进行的开发版本会跳升到21世纪）
接受的答案可能会奏效，但不是R的默认值。设置CC=gcc没有其他选项会丢弃此默认值，这是获取此错误的另一个原因。除非你知道自己在做什么，否则最好不要单独使用默认值。
编译器错误告诉您选择C99或C11。因此，除非您有意识地编译遗留代码，否则请先尝试使用C11。如果不起作用，您可以随时尝试使用旧版C99。
withr::with_makevars编辑单个包Makevars或协调对include / lib目录的全局更改，对于不直接从源代码编译的每个包都不是一个愉快的未来策略。不要那样做！编辑R的make配置的一个很好的替代方法是使用withr::with_makevars仅为安装命令操作Makevars：
library(withr)
with_makevars(c(PKG_CFLAGS = "-std=c11"),
install.packages("plyr", repos = NULL, type = "source"),
assignment = "+=")
另外，你可能已经安装了withr，因为它是devtools的依赖。
作为附录，可能会节省几分钟的时间：在Rstudio服务器（我无法控制）的R更新到3.3.2后，我遇到了类似的问题，但是使用了g ++。 g ++的编译器选项可以像这样添加到Makevars：
CXX1XSTD = -std=gnu++11
（我需要编译所需的gnu ++ 11包）