hierfstat pp.fis 置信区间不包括 Fis 估计值

Question

我正在使用 hierfstat 通过 basic.stats 函数生成基本人口统计数据，并使用 boot.ppfis 生成置信区间：

Mydata2indivs <- genind2hierfstat(A) # Create hierfstat object
basicstat <- basic.stats(Mydata2indivs, diploid = TRUE) #, digits = 2
Fis<-boot.ppfis(Mydata2indivs,nboot=1000, diploid = TRUE) 

这在过去对我来说效果很好，但根据我当前在 11 个群体中的数据集（约 70K SNP），置信限度并不总是包含实际的 Fis 估计值。我已经仔细检查过数据集不包含单态 SNP。在将数据集分成单个群体后，我还尝试过滤单态 SNP。有什么想法或建议吗？

非常感谢！ 凡妮莎

Answer 1

这有运气吗？我遇到了同样的问题，事实上，我所有的 Fis 值都超出了 hierfstat 提供的 Fis 置信区间。我目前正在研究约 10 万个 SNP 和 11 个人群。