如何在lmPerm中使用emtrends函数？

Question

我正在使用lmPerm库对线性模型进行置换测试。我想知道如何将此lmP模型与emmeans包中的emtrends函数一起使用。

作为示例，我使用了lmPerm随附的CO2数据执行以下回归分析。 conc是连续变量，Type是具有两个级别的类别变量。

> fit <- lmp(uptake ~ conc*Type, CO2)

但是，当我尝试使用emtrends包根据conc的值查找数值变量Type的trend有何不同时，出现以下错误：

> emmeans(fit, pairwise ~ Type, var="conc")
Error in model.matrix(trms, m, contrasts.arg = object$contrasts)[, nm,  : 
  subscript out of bounds

我检查了emmeans的开发人员选项指南，以支持lmp等新模型（对于常规lm模型，我没有任何错误），但是，我对如何编写emm_basis感到困惑方法，让lmp改为使用这些新方法。

[我知道数据集很小，因此我可以直接从系数中推断出交互作用，但这是一个虚拟数据集，而我的真实数据集又庞大又私有。

Answer 1

emmeans程序包包含qdrg()函数，该函数通常可以从不受支持的模型构建参考网格，并且在这种情况下可以工作。

library(lmPerm)
library(emmeans)

fit <- lmp(uptake ~ conc*Type, CO2)
rg <- qdrg(object = fit, data = CO2)

emmeans(rg, pairwise ~ Type, var="conc")

NOTE: Results may be misleading due to involvement in interactions
$emmeans
 Type        emmean   SE df lower.CL upper.CL
 Quebec        34.9 1.35 80     32.2     37.6
 Mississippi   43.6 1.91 80     39.8     47.4

Confidence level used: 0.95 

$contrasts
 contrast             estimate   SE df t.ratio p.value
 Quebec - Mississippi    -8.66 1.35 80 -6.408  <.0001