运行模型时出现错误：“family$family 中的错误：$ 运算符未为此 S4 类定义”

Question

在此代码中运行 zipoisson 模型时，如何解决错误：“family$family 中的错误：$ 运算符未为此 S4 类定义”？我尝试过泊松模型和准泊松模型？我相信 0 膨胀泊松模型可以更好地模拟数据的实际结构，该结构因大量零而扭曲。

# Fit the GLMM model for zero-inflated Poisson with mean duration
GLMM_freq_dur <- glmmTMB(N.x ~ duration * Sex + (1 | focalID) + (1 | videoID), 
                     data = GLMM_data, 
                     family = poisson (link='log'),zi=~1|focalID,
                     control = glmmTMBControl(optimizer = "bobyqa", optCtrl = 
list(maxfun = 1e6)))  # Increase max iterations

# Fit the GLMM model for zero-inflated Poisson with number of action units
GLMM_freq_au <- glmmTMB(N ~ Total_AU * Sex + (1 | focalID) + (1 | videoID), 
                    data = GLMM_data, 
                    family = zipoisson, 
                    control = glmmTMBControl(optimizer = "bobyqa", optCtrl = 
list(maxfun = 1e6)))  # Increase max iterations

Answer 1

glmmTMB

没有“zipoisson”家族。相反，您可以通过指定

ziformula

参数来指定零膨胀模型，例如

GLMM_freq_au <- glmmTMB(N ~ Total_AU * Sex + (1 | focalID) + (1 | videoID), 
                    data = GLMM_data, 
                    family = poisson, 
                    ziformula = ~ 1)

如果您想指定在所有观察中保持不变的单个零通货膨胀概率，或者

ziformula ~ .

如果您想包含“主”（条件）模型公式中的所有内容，或介于两者之间的内容，例如

ziformula ~ Total_AU * Sex

如果您想在零通胀项中包含固定效应而不是随机效应。

（不过，错误消息应该更好......）