bioconductor 相关问题

Bioconductor提供了分析和理解R语言中高通量基因组数据的工具。

MetagenomeSeq 无法安装，错误提示它不适用于 Bioconductor 版本

在几年没有使用 R 和所有软件包后，我正在尝试更新它。我的 MAC 运行的是 Sonoma 14.6.1。我需要安装 MetagenomeSeq 进行一些分析工作，但遇到了

r bioconductor

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所以我有我的目标，让我们说一个<- new ("A") I'm calling a@param$stuff <- "MyStuff" to set the value. I know it's not a good practice. It's better to use a setter. I'm us...

r bioconductor r-s4

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在 Bioconductor 包中正确使用嵌套环境

我有第一个包，其中使用动态下载并存储在缓存中的数据集通过 BiocFileCache 它被用作参考，在我的代码中到处调用，但用户也可以

r environment r-package bioconductor

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R：setGeneric 具有两个不同的 S4 类（B 继承 A），具有相同的方法名称和签名

有A班和B班两个班。 B 延伸 A。 A 有一种 doStuffs 方法，B 有一种方法。它们具有相同的名称和签名，只是它们在不同的对象上工作，因此它们的作用不同

r bioconductor r-s4

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减少Grange并保留元列

我正在尝试减少 Grange 对象文库（基因组范围） #示例数据 <- GRanges(seqnames = c("chr1", "chr1", "chr1"), ranges = IRanges(c(11,...

r bioinformatics bioconductor genomicranges

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如何在 R 中连接每个样本的两个 DNAStringSet 序列？

我有两个 Large DNAStringSet 对象，每个对象包含 2805 个条目，每个条目的长度为 201。我想简单地将它们组合起来，所以有 2805 个条目，因为每个条目都是这样的

r concatenation bioconductor

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催化剂包图MST

我只是想知道如何绘制 MST，就像使用 flowsom 时一样，但使用 Catalyst 包来代替。我已经按照生物导体上的催化剂教程进行操作，刚刚完成了集群...

r data-analysis bioconductor catalyst

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使用 MetaIntegrator 对特定基因或探针进行荟萃分析

我在特定基因或探针子集之后运行 MetaIntegrator 包中的“runMetaAnalysis”功能时遇到问题。这是我的代码：地理对象 <-c("GSE51387", "

r bioinformatics bioconductor meta-analysis

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如何使用 GSVA 中更新的 API 通过 ssGSEA 方法执行 GSVA？

我正在开展一个项目，该项目涉及使用 R 中的 GSVA 包执行 GSVA。具体来说，我正在尝试使用单样本基因集富集分析 (ssGSEA) 方法。不过，我

r bioconductor

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无法为我的ggtree的标签提示着色

我无法为我的 ggtree 中的物种名称着色。我咨询过以前的问题，例如：如何在ggtree中按组为树的尖端着色？，但我无法应用该解决方案...

r bioconductor ggtree

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使用 R 修剪 DNA 序列

我有一个DNA序列文件，许多序列都以“CCCATGCAGACATAGTG”或“CTCCATGCAGACATAGTG”开头，我有一个标签序列“ATGCA”。我想删除所有“ATGCA”以及...

r bioinformatics bioconductor

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MacOS 上的 R 错误：矢量内存耗尽（达到限制？）

我正在尝试运行 R 脚本（特别是，我正在使用 Bioconductor 包 Slingshot 中的“getLineages”函数）。我想知道为什么错误“向量内存耗尽（li...

r macos bioconductor

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从 R biomart getBM 获得 NA 的次要等位基因？

有谁知道为什么下面的代码给出了minor_allele和minor_allele_freq的NA列（通过这种方法提取的其他数据似乎很好）？库（“biomaRt”）； snp.db <- use...

bioconductor biomart

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clusterProfiler 无法加载包

我正在尝试加载 clusterProfiler，但无论我如何安装该软件包，或者卸载或重新安装，当我尝试加载它时，我都会继续收到以下错误。我也收到了...

bioconductor patchwork

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使用 Bioconductor 下载寨卡病毒基因组数据

我目前正在参加有关生物导体包的数据营课程。有一个部分可以通过 BioStrings 包来使用寨卡基因组。我想知道在哪里可以加载这个变量？

r bioconductor

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从bam文件中提取读取位置

我有一个包含多个 SNP 的 vcf 文件，现在我想看看这些 SNP 是否均匀分布在我从中获取 SNP 的 bam 文件的读取中。具体来说，我想绘制...

r perl bioinformatics bioconductor vcf-variant-call-format

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如何在 R 中使用 Biostrings 进行的成对比对中提取所有完美匹配 > 10 个核苷酸？

我已经对齐了2个DNAStringSet，并使用了Biostring包。我想提取序列中完全匹配且长度至少为 10 个核苷酸 (nt) 的所有部分，以及

r tidyverse bioconductor

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在 R 中运行 GDC_prepare 时出现问题

我正在尝试从 GDC 检索并准备一些数据，并且正在运行从 YouTube 视频复制粘贴的以下代码：video。下面是代码：库（TCGAbiolinks）图书馆（tidyver...

r bioinformatics bioconductor

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如何将 Ensembl ID 转换为 R 中的基因符号？

我有一个 data.frame，其中一列包含 Ensembl ID；我想找到该列值的相应基因符号，并将它们添加到我的数据框中的新列中。我用了bioMaRt...

r dataframe bioinformatics bioconductor

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IRanges 输出长度不等于输入

我想创建一个带有现有 data.table 的 IRanges 范围 <- IRanges::IRanges( start = x$position, wdith = 1 ) length(ranges) [1] 31253 However, My data.table is a table with...

bioconductor genomicranges

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