Bioconductor提供了分析和理解R语言中高通量基因组数据的工具。
我有第一个包，其中使用动态下载并存储在缓存中的数据集 通过 BiocFileCache 它被用作参考，在我的代码中到处调用，但用户也可以
R：setGeneric 具有两个不同的 S4 类（B 继承 A），具有相同的方法名称和签名
有A班和B班两个班。 B 延伸 A。 A 有一种 doStuffs 方法，B 有一种方法。 它们具有相同的名称和签名，只是它们在不同的对象上工作，因此它们的作用不同
我正在尝试减少 Grange 对象 文库（基因组范围） #示例数据 <- GRanges(seqnames = c("chr1", "chr1", "chr1"), ranges = IRanges(c(11,...
如何在 R 中连接每个样本的两个 DNAStringSet 序列？
我有两个 Large DNAStringSet 对象，每个对象包含 2805 个条目，每个条目的长度为 201。我想简单地将它们组合起来，所以有 2805 个条目，因为每个条目都是这样的
我只是想知道如何绘制 MST，就像使用 flowsom 时一样，但使用 Catalyst 包来代替。我已经按照生物导体上的催化剂教程进行操作，刚刚完成了集群...
使用 MetaIntegrator 对特定基因或探针进行荟萃分析
我在特定基因或探针子集之后运行 MetaIntegrator 包中的“runMetaAnalysis”功能时遇到问题。 这是我的代码： 地理对象 <-c("GSE51387", "
如何使用 GSVA 中更新的 API 通过 ssGSEA 方法执行 GSVA？
我正在开展一个项目，该项目涉及使用 R 中的 GSVA 包执行 GSVA。具体来说，我正在尝试使用单样本基因集富集分析 (ssGSEA) 方法。不过，我
我无法为我的 ggtree 中的物种名称着色。我咨询过以前的问题，例如：如何在ggtree中按组为树的尖端着色？，但我无法应用该解决方案...
我有一个DNA序列文件，许多序列都以“CCCATGCAGACATAGTG”或“CTCCATGCAGACATAGTG”开头，我有一个标签序列“ATGCA”。我想删除所有“ATGCA”以及...
我正在尝试运行 R 脚本（特别是，我正在使用 Bioconductor 包 Slingshot 中的“getLineages”函数）。 我想知道为什么错误“向量内存耗尽（li...
从 R biomart getBM 获得 NA 的次要等位基因？
有谁知道为什么下面的代码给出了minor_allele和minor_allele_freq的NA列（通过这种方法提取的其他数据似乎很好）？库（“biomaRt”）； snp.db <- use...
我正在尝试加载 clusterProfiler，但无论我如何安装该软件包，或者卸载或重新安装，当我尝试加载它时，我都会继续收到以下错误。我也收到了...
我目前正在参加有关生物导体包的数据营课程。有一个部分可以通过 BioStrings 包来使用寨卡基因组。我想知道在哪里可以加载这个变量？
我有一个包含多个 SNP 的 vcf 文件，现在我想看看这些 SNP 是否均匀分布在我从中获取 SNP 的 bam 文件的读取中。具体来说，我想绘制...
如何在 R 中使用 Biostrings 进行的成对比对中提取所有完美匹配 > 10 个核苷酸？
我已经对齐了2个DNAStringSet，并使用了Biostring包。我想提取序列中完全匹配且长度至少为 10 个核苷酸 (nt) 的所有部分，以及
我正在尝试从 GDC 检索并准备一些数据，并且正在运行从 YouTube 视频复制粘贴的以下代码：video。 下面是代码： 库（TCGAbiolinks） 图书馆（tidyver...
我有一个 data.frame，其中一列包含 Ensembl ID；我想找到该列值的相应基因符号，并将它们添加到我的数据框中的新列中。 我用了bioMaRt...
我想创建一个带有现有 data.table 的 IRanges 范围 <- IRanges::IRanges( start = x$position, wdith = 1 ) length(ranges) [1] 31253 However, My data.table is a table with...
区分通过 CRAN 和 Bioconductor 安装的软件包 [R]
我在conda环境中安装了一堆R包，我想创建类似于conda env导出的东西，但是在R中。 您可以从以下位置获取包名称和版本控制（来源）： ip = 一个...
我正在 R 中使用 ComplexHeatmap 包，并通过 k 均值聚类（行和列）分割我的热图。行的聚类效果很好。对于列，我得到一个 4 列簇（对照）并且......