bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

如何将 Bowtie2 下载到我的 MacBook 上？

我被告知我需要首先创建一个在 Python 3.5 上运行的虚拟环境。我尝试使用命令： conda 创建-n p35env python=3.5 但我不断收到消息：（底座）Drews-MacBook-Pro：~

anaconda bioinformatics bowtie2

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查找矩阵中元素的行索引 <0.001, excluding certain rows

我正在 MATLAB 中使用 Cobra Toolbox 执行双基因敲除研究，生长比率的输出是一个 100 x 100 的矩阵，称为 grRatioDble。我需要找到 el 的行和列索引...

matlab matrix bioinformatics

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ContainerAlreadyContains 使用 Cobra 进行优化时出现错误

我正在尝试使用 Cobra 进行优化，为两种生物体创建合作社培养基。为此，我设置了约束和目标，就像文档中所解释的那样。可悲的是，我的代码专业...

python optimization bioinformatics

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awk 合并 col 值在范围内的文件

我有一个选项卡 delim dataset1 NC_044998.1 14582 80739 LOC100221041 NC_044998.1 31388 68748 DCBLD2 NC_044998.1 80874 299341 CMSS1 NC_044998.1 112495 297570 菲利普1L NC_0449...

awk bioinformatics bed

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Perl：匹配数组元素，然后将上一个（后面 5 个索引）数组元素复制到新数组

本质上我想做的是搜索一个大文本文件来识别每个显示“未找到匹配项”的元素，并将匹配的标识符复制到新列表中。我对第一个很好...

regex perl bioinformatics fasta regular-language

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如何使用 Bash 脚本查找 FASTA 文件的 GC 内容？

我想使用 Bash 脚本从 FASTA 格式文件中查找 GC 内容。 GC含量基本上是((G+C)的数量)/((A+T+G+C)的数量)。我正在尝试使用 wc 命令。 ...

linux bash bioinformatics fasta dna-sequence

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运行 Bowtie2 期间 breseq 出错

我最近尝试使用breseq来分析一些细菌测序数据。然而，当 breseq 使用 Bowtie2 将原始数据与参考基因组对齐时，我遇到了致命错误。这是关键...

bioinformatics genome sequencing variants

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如何使用 R 中的 ggplot2 将基因与线条连接

我有一个基因数据框，我想绘制它并用线连接它头(df) 样本重叠群起始结束 qseqid 基因簇位置 1 基因组-300 基因组-300_1 199...

r ggplot2 bioinformatics

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如何找到两个 dfs 之间的区域重叠

我有一个 df 具有字符和位置，另一个具有字符、开始、结束。我想找到 df1 中与 chr 匹配并与 df0 位置重叠的所有区域。请参阅示例...

python pandas dataframe bioinformatics

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将 FASTA 读入数据帧并提取 FASTA 文件的子序列

我有一个 DNA 序列的小 fasta 文件，如下所示： >NM_000016 700 200 234 ACATATTGGAGGCCGAAACAATGAGGCGTGATCAACTCAGTATATCAC >NM_000775 700 124 236

r subset bioinformatics fasta

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获取点分隔字符串的第一个值（Bash）

嘿，所以我在 bash 中有一个名为 Chicken.fasta.count.sorted.top Three.txt 这是一个由点分隔的字符串，我想要第一个点之前的值。我只想要子字符串“chicken”并且我想要...

linux string bash shell bioinformatics

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根据位于不同行的相同列值过滤 R 整洁数据框中的行

我正在尝试过滤掉样本中丰度计数低于对照中相同物种的物种 (ASV)。下面是我整理的数据表的简化版本： ASV ID 类型批共...

r filter tidyverse subset bioinformatics

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如何根据模板列表重新排列包含分类数据的 CSV 文件

我正在尝试用类群名称替换系统发育树的尖端。我有一个 CSV 文件，第一列中包含尖端标签，第二列中包含分类单元名称。然而，顺序...

r csv bioinformatics phylogeny ape-phylo

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使用翻转图代替维恩图

我正在尝试在我的论文中使用翻转图而不是维恩图。我正在处理蛋白质组学数据，我的目标是绘制两个搜索引擎之间的重叠以及使用...

python-3.x bioinformatics

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EdgeR 中相关系数的意义？

如何计算或提取edgeR 中GLM 中系数的p 值？我想凭经验衡量每个系数对模型的贡献。作为参考，我的设计是：

r bioinformatics

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SIMD：逐个字符比较两个字符串并找出匹配的总数

我正在开发一种生物信息学工具。我对应用 SIMD 来提高其速度感兴趣。给定两个长度相等的字符串，我想快速计算这两个字符串的索引总数...

c++ parallel-processing bioinformatics simd

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在服务器上使用 cytoscape

我正在尝试在我的实验室中实现 cytoscape 并将其安装在我们通过 ssh 从自己的终端访问的中央服务器上（使用 x11 转发）。我确实找到了 Scooter Morris 的答案......

server bioinformatics cytoscape

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Cytoscape 与 STRING 比较一长串蛋白质

我的大学项目正在进行中，我遇到了一个问题。我有一长串大约 1000 种蛋白质的列表，我想在 STRING 中分析它们，但是，我的列表太大了。我决定...

bioinformatics cytoscape

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将 smi 文件从锌转换为数据帧

我的项目是从锌和其他数据库中获取一些与特定激酶酶相关的化合物和小分子。我尝试了几种方法从 zincid 或 pubchem id 下载微笑...

python pandas bioinformatics chemistry cheminformatics

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使用 Selenium 访问网站时出现“DisallowedHost”异常

我正在尝试使用 selenium 访问网站以实现自动化数据分析。该站点是 http://dbtoolkit.cistrom.org/ 。我正常访问该网站没有任何问题，但是当

python selenium-webdriver bioinformatics

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