bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

CellChat 中的 netEmbedding() 函数 - UMAP 无法识别

我在 CellChat 中遇到 netEmbedding() 函数的问题，需要一些建议。当我运行以下代码时：手机聊天 <- netEmbedding(cellchat, type = "functional")...

r bioinformatics reticulate

回答 1 投票 0

使用带有 Snakemake 通配符的扩展来跨样本聚合时出错

我想编写一个snakemake规则，该规则可以聚合通配符以生成所有样本的摘要。对我来说，这似乎是一个非常简单的情况，但我无法弄清楚我遇到的语法错误。我

wildcard bioinformatics snakemake

回答 1 投票 0

我如何获取 ATTED II 中的共表达数据并在 Cytoscape 中创建基因网络

使用 ATTED II 中的基因共表达数据，如何在 Cytoscape 中格式化和创建基因网络。下载 ATTED II 数据并上传到 Cytoscape 为我提供了所有节点 (100)，但没有边缘...

bioinformatics cytoscape

回答 1 投票 0

在 R 中组合数据框中的列对

我正在尝试将基因型数据和矩阵结合起来，其中每一行代表一个等位基因，即每个样本都分为自己的行。我从矩阵创建了一个数据框（tibble）。数据框架...

r bioinformatics genomics

回答 2 投票 0

使用 pubchempy 将 CID 转换为 Chembl_id

我目前正在用Python开发一个项目，一个相当长的步骤是将CID（化合物识别号）列表转换为Chembl_id。为此，我使用 pubchempy lib 来自 pubchempy 我...

python bioinformatics pubchem

回答 1 投票 0

过滤 .fasta 文件

我有以下两个文件：包含 >700 个蛋白质序列的 .fasta 文件。每个序列占据几行，并且有一个标题，其中包含有关蛋白质的一些信息，包括登录号...

bash filter bioinformatics fasta

回答 1 投票 0

过滤 JSON 文件并使用输出来过滤 .fasta 文件

我有以下两个文件：包含 >700 个蛋白质序列的 .fasta 文件。每个序列占据几行，并且有一个标题，其中包含有关蛋白质的一些信息，包括登录号...

json bash filter bioinformatics fasta

回答 1 投票 0

BASH：过滤 .json 文件并使用输出来过滤 .fasta 文件

我有以下两个文件：包含 >700 个蛋白质序列的 .fasta 文件。每个序列占据几行，并且有一个标题，其中包含有关蛋白质的一些信息，包括登录号...

json bash filter bioinformatics fasta

回答 1 投票 0

R 中多次重复的蛋白质强度随时间点变化的统计数据

我有 5 个重复的 3 个时间点的蛋白质强度列表。我想评估不同时间点的蛋白质强度变化在重复实验之间是否存在统计差异...

r bioinformatics anova

回答 1 投票 0

如何通过 for 循环在配对文件上使用 SLURM_ARRAY_TASK_ID？

我有一个包含 180 个文件的文件夹，这些文件的名称中配对为 *R1.fastq.gz 和 *R2.fastq.gz。所以它可能是“abc_R1.fastq.gz”和“abc_R2.fastq.gz”作为一对，并且有......

bash for-loop bioinformatics slurm

回答 1 投票 0

如何通过 for 循环在配对文件上使用 SLURM_TASK_ID？

bash for-loop bioinformatics slurm

回答 0 投票 0

Nextflow 管道：处理单个和多个输入时从通道访问文件

问题：我正在设置一个 Nextflow 管道，它可以处理单个和多个输入文件集。处理一组文件时，我想使用命令行参数，例如：下一个弗洛...

bioinformatics nextflow

回答 1 投票 0

如何从氨基酸序列获得UniProt登录号？

我想使用Python中的UniProt API来获取给定氨基酸序列的UniProt登录号，但我似乎找不到一种方法来做到这一点，而不是从序列中。有没有办法做到这一点，...

python bioinformatics biopython

回答 1 投票 0

windows shell -- 运行 igblast：“BLAST 查询/选项错误：种系注释数据库...”

我正在尝试在 Windows powershell 中从 NCBI 运行 igblast。当遵循文档并尝试运行以下代码时： bin/igblastn -germline_db_V 数据库/mouse_gl_V -germline_db_J 数据...

powershell bioinformatics blast

回答 1 投票 0

在 Biopyton 中建立 Fastq 质量控制循环

我试图将其变成一个循环，因为我有很多文件，我正在使用Biopython，但我不确定是否可能。好读数 = ( 记录 for rec in SeqIO.parse(rec1, "fastq") ...

bioinformatics biopython fastq

回答 1 投票 0

在biopyton中建立质量控制循环

我试图将其变成一个循环，因为我有很多文件，我正在使用 Biopython，但我不确定是否可能。好读数 = ( 记录 for rec in SeqIO.parse(rec1, "fastq") ...

bioinformatics biopython fastq

回答 1 投票 0

STAR 映射正在创建空 BAM 文件

我正在尝试运行 STAR，但收到一个空的 BAM 文件。有谁知道为什么会发生这种情况以及如何解决它？ iCount mapstar 解复用/demux_NNNGGCGNN.fastq.gz hs88 映射_NNNGGCGNN \ &...

linux command-line bioinformatics sequencing

回答 1 投票 0

这个函数中 numpy 随机种子的推理？

我正在学习有关 Python 在生物信息学中的使用的教程。在本教程中，通过以下函数执行 Mann-Whitney U 测试。 numpy.random.seed 在 pa 之后的第一行中使用...

python numpy bioinformatics t-test statistical-test

回答 1 投票 0

使用Bio.SeqIO编写单行FASTA

QIIME 请求此（此处）有关其作为输入接收的 fasta 文件：该文件是 FASTA 文件，序列采用单行格式。也就是说，序列不会被分解成多个 li...

python python-2.7 bioinformatics biopython fasta

回答 4 投票 0

我应该如何格式化这个正则表达式来找到这个所需的氨基酸序列？

我正在寻找 fasta 文件中序列中的氨基酸。我正在检查序列中的第 564 个氨基酸是否是 V、I 或 E。正在访问的文件已被读入并进行处理...

python regex bioinformatics

回答 1 投票 0

bioinformatics 相关问题

最新问题