dna-sequence 相关问题

表示脱氧核糖核酸的核苷酸序列的字符串,该核酸序列保存构成遗传密码的基因。

Amova 使用单倍型频率数据

我想根据从线粒体 DNA 中提取的单倍型进行 Amova。根据这些序列,我想看看是否存在任何显着的人口结构。 一开始我

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需要有关功能的帮助

func one_frame 应该解析字符,以便搜索 3 的倍数的字符,当遇到 ATG 时,应该调用 func orf。然后将该结果添加到字符中的帧列表中,然后继续...

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尝试从给定的DNA序列中获取ORF

我正在尝试获取打印输出,该输出将包含从字符串开头到结尾的所有内容,直到它到达特定系列的字符,例如“TAA”,“TAG&...”

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尝试从给定的DNA序列中获取ORF——已解决

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捕获字符串中的整数并将其用作正则表达式的一部分

我有一个字符串: s = ".,-2gg,,,-2gg,-2gg,,,-2gg,,,,,,,,t,-2gg,,,,,,-2gg,t,,-1gtt,,,, ,,,,,-1gt,-3ggg" 和我正在使用的正则表达式 进口重新 delre = re.compile('-[0-9]+[ACGTNAcgtn...

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React:为很长的序列创建 DNA 查看器

我想在 React ts 应用程序中创建自己的 DNA 序列查看器(以学习和练习编码)。 我从我的烧瓶服务器中以长字符串形式获取序列,非常好。 但就续集而言...

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如何使用 Bash 脚本查找 FASTA 文件的 GC 内容?

我想使用 Bash 脚本从 FASTA 格式文件中查找 GC 内容。 GC含量基本上是((G+C)的数量)/((A+T+G+C)的数量)。 我正在尝试使用 wc 命令。 ...

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根据常见子模式对短的同质字符串(DNA)进行聚类并提取类的共识

任务: 将大量短 DNA 片段聚类到共享共同子序列模式的类别中,并找到每个类别的共有序列。 泳池:约。 300 个序列片段 8 - 20 让...

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创建一个采用 2 个 DNA 序列的函数,检查它们是否具有相同的长度、是否是有效序列以及它们具有什么类型的突变

我正在尝试创建一个函数,它接受 2 个 DNA 序列作为参数并检查 3 件事(按此顺序): 比较它们以查看它们的长度是否相同 检查它们是否都有效

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根据用户输入切换函数中的变量

我正在尝试比较两个有摆动的 DNA 序列并报告不匹配情况。为了在编程意义上解释 DNA 和摆动,它们是字符(碱基)A、T、C 和 G 的字符串,摆动是字符...

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使用Python反向互补DNA链

我有一个 DNA 序列,想使用 Python 获得它的反向互补序列。它位于 CSV 文件的其中一列中,我想将反向补码写入同一列中的另一列

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在 R 中使用 msa 包,它崩溃了

我正在运行 msa 包来为 phangorn 包创建 DNA 对齐,但它因此错误而崩溃 我在 M1 Mac Book Pro 上运行带有 R v4.3.1 的 RStudio 多 <- msa(seqs, method=&...

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Python 中反转 DNA/mRNA 序列的问题

我的程序在所有情况下都无法正常运行,任何具有生物学和编码专业知识的人都应该能够告诉我哪里出了问题。我正在尝试创建一个

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cs50 第 6 周 DNA 程序错误识别 DNA 序列

我的代码还可以,只是它的工作对象是有选择性的。它为特定序列提供了正确的名称,但对于其他序列,它会弄乱。 例如,它会正确识别

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在 ggplot2 图中绘制字母字符串

我有以下数据框: 读名 <- c("tic", "tac", "toe") sequence <- c("TTTTTTTTATTTTTA","TTTTCTTTTTTTTT","GTTTTTTT") df &...

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使用 shapeit5 定相基因组

我打算使用shapeit5进行定相。我下载了1000G的参考数据集: https://mathgen.stats.ox.ac.uk/impute/1000GP_Phase3.html 但是,在运行 shapeit5 时出现此错误: 开幕

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CS50 DNA 帮助 - 如何比较两个词典

有人可以解释为什么我的代码返回不匹配,因为我认为你可以用“==”比较两个字典? 导入 csv 导入系统 导入副本 def main(): # TODO:检查命令...

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R 中的不等数据帧比较 - ifelse 命令

我有两个数据集,如下所示: biological_data(包含DNA上的位置列表,即不同长度范围的列表): 类型 开始 结尾 宽度 A 171 884 714 A 20639 21148 ...

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我无法再运行 Disambiguate(dna) 功能。我已经重新安装了 Decipher 包,但仍然无法正常工作。有人可以帮忙吗? [关闭]

我曾经在 RStudio 2023.03.0 Build 386 上运行 Disambiguate(dna) 函数,但它不再起作用。此函数将 DNA 字符串(例如 R、Y、S 等)中任何不明确的碱基消歧为 ...

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寻找最长公共子串

我试图在所有 DNA 链中找到最长的公共子串,但在测试中我使用的是数字串。 这是我写的函数: def lcsm(字符串列表): strands = 排序(string_lis ...

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