dna-sequence 相关问题

表示脱氧核糖核酸的核苷酸序列的字符串,该核酸序列保存构成遗传密码的基因。

最大连续单词数

请考虑以下薰衣草DNA序列:...

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比较字符串数据

目前在CS50的问题pset6(尤其是Python中的DNA)方面存在一些问题。问题是关于DNA测序的,所以我有至少20个人的大量序列,例如...

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逐对序列分析-查找唯一组合的索引

我有大量DNA序列{A,C,T,G}(总共100,000个列表,每个列表3000个字符)。我需要成对分析这些列表,从第一个列表开始,然后将其与第二个列表进行比较,...

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链接ubuntu 14.04中的boost文件系统和boost iostream库

我下载了boost 1.61并将其解压缩到/ usr / local / boost_1_61_0,并在安装时将前缀路径设置为/ usr / local /,其中安装了所有boost库。我正在尝试安装FRESCO ...

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不同样本之间的组和等级之间的相关性,R

我正在研究DNA的一些分数,每个位置都有分数。我想找到一种方法来了解某些样本是否更可能具有较高的得分,而不是一般而言,而是排名...

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为什么我不能在python中将DNA转换为mRNA?

[代码:n = 3 DNA序列= {DNA的“苯丙氨酸”字典:[“ UUU”,“ UUC”],“亮氨酸”:[“ UUA”,“ CUU”,“ CUC”,“ CUA” ,“ CUG”,“ UUG”],“异亮氨酸”:[“ AUU”,“ AUC”,“ AUA”],“ ...

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获取关键字错误。也许是尾随空格

我需要帮助使该程序获取DNA序列并将其分解为3s(ATGCGTGGC => ATG,CGT,CCG)以创建密码子。然后从那里将密码子与我... [

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确定值是否在字典的列表值中

我已经将此问题视为重复的问题(到目前为止,我的所有问题似乎都是重复的)。我的代码#UAA + UAG + UGA = STOP n = 3 xdict = {“苯丙氨酸”:[“ UUU”,“ UUC”] ,“亮氨酸”:[“ ...

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如何打印字典的键,在值列表中搜索值

我知道这是重复的。但是,该特定问题的答案对我不起作用。链接到这里的问题。如何从字典的值中打印字典的键?我的...

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如何打印字典的键,在值列表中搜索值

我知道这是重复的。但是,该特定问题的答案对我不起作用。链接到这里的问题。如何从字典的值中打印字典的键?我的...

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使用bash和grep -c进行密码子分类和计数

我有一个文本文件,其中有几行密码子,每行有一组三个核苷酸序列,它可以是A,T,G,C,但一行中只有三个。 (例如ATC),我想写一个...

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存储人类基因组需要多少存储空间?

我正在寻找存储单个人类基因组所需的存储量(MB,GB,TB等)。我在维基百科上读了几篇关于DNA,染色体,碱基对,基因的文章,并且有一些...

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如何选择性地连接使用Python在列表中以换行符结束的行?

我有一个存储基因入藏名称和序列的文本文件,其内容如下:序列的原始外观以及当我使用Python打印它时,它显示每行以新行符号结束:['&...

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任何人都可以帮我弄清楚这段代码有什么问题吗?相同的RNA序列匹配程序

以下是我到目前为止:在提示用户输入两个序列时似乎有错误。 def matchSequences(sequence1,sequence2):numMatches = 0(输入(“输入RNA序列”)==(...

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用于迭代变量URL的循环(Python)

Python newby在这里。我正在开发一个简单的DNA序列序列搜索程序。主要思想是从NCBI数据库获取特定基因组和起始端的不同序列......

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Perl期望最大化DNA序列的对数 - 得分

我对此代码的总体目标是在每个DNA序列中找到基于对数 - 得分评分矩阵报告最大对数分数的基序(较小序列)。我正在搜索的.txt文件...

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为DNA序列创建数组哈希,Perl

我有一个名为%id2seq的哈希,它包含由密钥$ id引用的DNA序列字符串。我希望能够通过使用字符串中的位置来操纵DNA序列...

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R中的重叠比赛

我已经搜索过并且能够找到此论坛讨论以实现重叠匹配的效果。我还发现以下SO问题,说找到执行此任务的索引,...

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在biopython中仅显示dna对齐得分

我有DNA序列数据。例如,X =“ACGGGT”Y =“ACGGT”我想知道对齐分数,因此我使用了biopython pairwise2函数。例如,来自Bio.pairwise2的Bio import pairwise2 ......

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Biopython:DNA序列之间的局部比对没有找到最佳比对

我正在编写代码来查找两个序列之间的局部比对。这是我一直在努力的一个最小的工作示例:来自Bio.pairwise2的Bio import pairwise2 import format_alignment seq1 =“...

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