fasta 相关问题

FASTA是用于蛋白质和核酸的序列比对的软件包。 FASTA也是这些程序用来表示肽或核苷酸序列的文件格式的名称。该格式是生物信息学中事实上的标准。

提取具有特定fasta ID的fasta序列块。

我是python的新手，我试图通过这里的所有问题与我想要的东西相关，但还没有得到答案。我想在一个文件中提取连续的fasta序列块，这有 ...

python fasta

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编写一个python程序来操作fasta文件。

假设我有下面的fasta文件和文本文件。#fasta >seq1 AAATTTCCC >seq2 CCCGGGTTT #txt (tab separated) seq1 3 seq2 4 我需要帮助，试图写一个程序，将重复...

python string fasta

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将表中核苷酸序列转换为Fasta格式的Python脚本

我已经进行了祖先序列重建，以确定给定系统树的每个节点的核苷酸序列。输出文件是一个表，其核苷酸最可能在...

python data-conversion fasta

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按bash中指定的序列长度过滤出FASTA文件

有一个FASTA文件assembly.fasta，其中包含重叠群名称和相应序列：> contig_1 CCAATACGGGCGCGCGCAGGCTTTCTATCGCGCGGGGGGTCTCGTCGAGGACGGGCGGGGCGCA AGGATTACTACCGCAGCGGC> contig_2 ...

awk fasta

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编辑FASTA：如何使用正则表达式和列表更改FASTA的标题，以及替换文件

python regex list loops fasta

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Python：从Fasta文件读取和打印序列

我正在尝试仅在输入文件中打印序列ID，而不是整个描述行，以及来自fasta文件的GC内容旁边的GC内容，例如：Seq1 40％Seq2 37％Seq3 12％When .. 。

python fasta

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如何在Perl中删除数组的换行符并在其开头添加元素？

[首先，我要为编辑我的初始帖子道歉。但是在提供代码之后，我就把问题弄得模糊了。因此，我有一个数组（@start_cod），其中包含用/ n分隔的行，如下所示：...

perl fasta

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仅在某些不匹配模式的行上用sed替换

我有一个文件（标准FASTA格式），如下所示。我想替换所有的“-”字符，但只能替换不是以“>”开头的行。例如：> Title1-mytitle ...

regex bash sed fasta

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根据带有间隙的id替换FASTA序列

我在文件中有2000个Fasta序列，例如：> T1 AQSFDRATVFEARRAGYQRESRVALGKSTGVLEWHVFHVWAPRETTILVETLSQIECSGKGIADRRQENPLTI ------ ATAI--TSQLLELVDIVIMDFKAITQFFL> T484 ...

python bioinformatics biopython fasta

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如何在Perl中删除数组的换行符并在其开头添加元素？

我正在学习Perl，所以我正在编写一个脚本来处理fasta文件：我的文件：>名称aaaaaaaaaaaaaaaaaaaa> name2 acacacacacaacaccacaac。。。 > namex aattatatattataattatatttat这是我的...

perl fasta

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试图编写此功能，它将在屏幕上打印每个序列的ID

我正在尝试仅在输入文件中打印序列ID，而不是整个描述行）以及来自fastfa文件的它旁边的GC内容，例如：Seq1 40％Seq2 37％Seq3 12％When .. 。

python fasta

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在FASTA文件中的多个序列中在读取帧2中找到最长的ORF（开放读取帧）

我已经看到了有关该领域问题的一些问题，但是尽管试图理解Biopython方法很多小时，但还是无法将其用于我的问题。我可以用逻辑做到这一点，但我相信这是...

bioinformatics biopython fasta

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Python找到最长的ORF

有人可以给我展示一个简单的解决方案，以解决如何计算DNA序列中最长30bp的最长开放阅读框（ORF）吗？ ATG是起始密码子（即ORF的开头），并且...

python bioinformatics biopython fasta dna-sequence

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如何使用Perl脚本从FASTA文件中的匹配字符串中提取ID？

我是Perl编程的新手，并且坚持使用自己的脚本。我正在尝试在FASTA文件中搜索图案，如果找到，则打印出包含该图案的蛋白质的ID。我可以加载我的文件，但之后...

string perl design-patterns fasta motif

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如何提交作业（序列文件）并使用curl在Web服务器中检索结果

我有一个fasta序列> seq1 UUUAAAAUCUGUGUAGCUGUCGCUCGGCUGCAUGCCUAGUGCACCUACGCAGUAUAAA [

curl webserver fasta

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在for环中又称核苷酸对的“ Digram”计数

我需要编写一个函数，该函数接受一个fasta文件并计算该文件中的图（AT，CG，TT，CC等）。我的for循环当前逐行读取文件，并生成该行的计数。 ...

python for-loop count fasta

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读取FASTA文件

我想将文件的以下行转换为JSON，我想将其保存为猫鼬模式。 > HWI-ST700660_96：2：1101：1455：2154＃5 @ 0/1 GAA ..... GAATG应该是：{“> HWI-ST700660_96：2：1101：...

json csv fasta

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如何从FASTA格式确定模式生物

所以我有这种fasta格式：例如> sp | A9X7L0 | ANMT_RUTGR邻氨基苯甲酸酯N-甲基转移酶OS =毛果芸香牛OX = 37565 PE = 1 SV = 1 MGSLSESHTQYKHGVEVEEDEEESYSRAMQLSMAIVLPMATQSAIQLGVFEIIAKAPGGR ...

sequence bioinformatics biopython fasta

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通过对bash中的id行进行部分匹配来过滤多条目.fasta文件

我有一个.fasta文件，例如：> LTR22_Mio ERV2 Microtus ochrogaster tgtcacgccacctcctgcggagtctgcgtgatctctcacgtaggctgtggcacaagcttcaaggaagagt ...

bash fasta

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将JSON解析为具有特定约束的fasta格式

我有一个类似如下的JSON {“条码”：{“ 0004F--0004R”：{“条形码UID”：“ 4”，“样品ID”：“ 10887581”，“对于条形码名称”：“ 0004F “，...

json parsing groovy fasta nextflow

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