Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。
我的目标是制定一条规则，根据样本信息 csv 文件中指示的生物体生成用于读取比对的基因组索引。 每个库可以是人类或小鼠（或其他），我
使用带有 Snakemake 通配符的扩展来跨样本聚合时出错
我想编写一个snakemake规则，该规则可以聚合通配符以生成所有样本的摘要。对我来说，这似乎是一个非常简单的情况，但我无法弄清楚我遇到的语法错误。 我
我正在尝试使用snakemake从特定作业输出一些文件。 基本上我有不同的过程通道，跨越不同的质量范围。然后取决于{通道，质量} pai...
有没有办法在 Snakemake 上对本地作业进行分组？ 我正在尝试使用预取创建一个 Snakemake 管道，从 SRA 下载大量 fastq 文件并生成 bam 文件。尽管是
Snakemake：使用临时公共数据时，mtime 重新运行触发器强制重新运行之前已完成的步骤
我的工作流程分支如下： A -> 温度(B) -> C ... A -> 温度(B) -> D 因此，当我想在 C 之后生成 D 时，它会重新生成 B，但通过这样做，我的工作流程会认为 C 需要重新运行
我想知道，我有两条几乎相同的规则。有没有办法将 Snakemake 中的它们合并成一个规则？ 规则标签： 输入：lambda 通配符：get_predict_data(datadir, wildcards.da...
Snakemake 在 virtualenv 中执行 --edit-notebook 时无法执行前置码
我在我的用户站点包中安装了python包notebook和snakemake。 为了在不同的设置中使用snakemake，我使用virtualenvs。在这个virtualenv中我安装了snakemake和所有的
这可能听起来像是一个奇怪的要求，但我有一个在超过 150k 个文件上运行规则的工作流程。它们中的大多数可以并行运行，因此我使用通配符。 现在我正处于工作流程中的某个时刻...
Conda 4.10.3 和 Snakemake >5“__conda_exe”问题
我有以下问题，当我使用下面的命令时，snakemake似乎无法使用--use-conda选项解决环境的创建问题。 如果我不使用蛇的这个选项...
Snakemake 远程规则在 PBS 集群中执行脚本之前停止
我有一个snakemake (7.22.0)，在启动后就停止了。我有在集群上运行（通过 pbs）并执行外部 Python 脚本的规则。我注意到现在有些规则停滞不前......
我正在使用 Snakemake 版本 8.23.2 并遇到与基准文件相关的意外行为。我想防止仅由于缺少基准文件而重新执行规则。 蛇形锉刀 夫...
与在没有共享通配符的情况下耦合输入和输出非常相似，我组装了用户指定的配对输入和输出列表： 输入 = ["/path/to/input1", "/pat...
我有一组输入：[A，B，C，D] 以及一组输出：[1,2,3,4] 我希望规则的输入/输出对为：A1、B2、C3、D4。 我如何在蛇形文件中做到这一点？
使用`name`指令时，有没有办法在Sankemake中获取`rules`中的规则名称？
Sankemake版本： ❯ Snakemake --版本 8.20.6 意外行为 统治一切： 输入： “测试2” 规则： 名称：“测试”， 输出： “测试”， 她...
我正在使用awk脚本来处理文本文件，当遇到某个字符串时，它会退出。 { 如果（$1 ~ /^>/）{ if (($1 ~ /.{5}.+/) || ($1 ~ /^>MT/)) { 出口 }...
我有一个工作流程，其中我扩展具有多个值的参数（即 param1=[A,B]、param2=[1,2]）。该规则产生了预期的结果。然而，我不确定我是否坚持了最好的
运行snakemake管道时，出现以下错误： OSError：[Errno 122]超出磁盘配额：'~/.cache/snakemake/snakemake/source-cache/runtime-cache/tmpgjt6rxfc/file/crex/proj' 看的时候...
我正在使用snakemake来编排来自多个源的数据管道。在工作流程的开始，有几条规则只处理一个源。最终有一个规则...
我想使用一个函数来轻松设置输出日志文件名。 我尝试了以下功能 #output_path=simulations/sim1/model/test.out # idx=2 == 在第二个元素后添加 # x=log...
snakemake - 在资源指令中指定内存与单独规则的命令行调用
可以在资源指令中按规则定义内存要求 黑桃规则： 输入： 规则.规则.输出 输出： “{样本}/黑桃/contigs.fasta” 资源...