snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

使用蛇虫进行探索性分析（种群基因组学）

Popglen

bioinformatics snakemake

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srun

snakemake snakemake-slurm

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这是有问题的规则：规则Multiqc_trimmed：输入：展开（“结果/read_quality/qc_trimmed/fastqc/{sample} _ {pr} .trimmed_fastqc.zip”，sample = config ['samples']，pr = multi ...

python dependencies conda snakemake

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<code>profiles/default/config.yaml</code>

在我的

conda snakemake

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使用 - for -forile运行snakemake版本> =8

我正在使用snakemake 8.29.1运行此命令：

snakemake

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使用slurm executituter在同一节点上并行执行snakemake规则的多个实例我正在HPC群集上运行我的Snakemake管道。由于请求节点是限制步骤，因此我想完全使用每个分配节点的核心（大多数步骤在1个线程上运行...

slurm snakemake snakemake-slurm

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SnakeMake：与Slurm

llet说我们有一个简单的管道如下：

multithreading resources cluster-computing snakemake hpc

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SnakeMake-检查configfile是否具有值

snakemake，有什么方法可以检查是否已经给出了某些配置？

python config snakemake

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最好处理程序生产相同文件名的Snakemake作业

我有一个snakemake工作流程的问题。由于某个软件的限制，我的规则之一的输出始终被命名为solfix。我通过将文件移至其他命名文件

workflow snakemake

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SnakeMake：没有拾取规则我试图创建一个Snakemake脚本来自动化3个任务。第一个编辑一个.seg文件以成为下一个规则的正确输入，第二个规则计算

文件1 | __文件2 | __文件...

python bash pipeline bioinformatics snakemake

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有任何方法可以在输出中使用通配符？

split2nfiles: SRR23538290: 12 SRR23538291: 15 SRR23538292: 14

snakemake

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在过去的几个月中，我开始使用Snakemake，我每天都在HPC上工作。最近，我仍然在用slurm请求GPU时遇到问题。我将所有资源设置在个人资料中，并提交

default-resources: slurm_partition: "a100" gpus: 1 slurm_extra: "'--qos=gpu1day --gpus=1'"

slurm snakemake snakemake-slurm

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SnakeMake-用时间戳

我尝试设置蛇（Snakemake 7.19.1）。最终输出应包含时间戳。这是一个最小的例子：＃！/bin/python 打印（“导入软件包”）从DateTime Import DateTime 导入t ...

python snakemake

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Snakemake 展开保存在变量中的字符串

我的问题很简单，但我在Snakemake文档中找不到如何做。假设我有一个很长的字符串需要扩展，例如：统治一切：输入：展开（“sim_files/test_nGen {n...

python wildcard snakemake

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snakemake：在规则输出中使用通配符索引配置文件

我的目标是制定一条规则，根据样本信息 csv 文件中指示的生物体生成用于读取比对的基因组索引。每个库可以是人类或小鼠（或其他），我

snakemake

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使用带有 Snakemake 通配符的扩展来跨样本聚合时出错

我想编写一个snakemake规则，该规则可以聚合通配符以生成所有样本的摘要。对我来说，这似乎是一个非常简单的情况，但我无法弄清楚我遇到的语法错误。我

wildcard bioinformatics snakemake

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Snakemake：如何使用通配符实现函数？

我正在尝试使用snakemake从特定作业输出一些文件。基本上我有不同的过程通道，跨越不同的质量范围。然后取决于{通道，质量} pai...

python workflow jobs snakemake

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使用 Snakemake 在本地对作业进行分组

有没有办法在 Snakemake 上对本地作业进行分组？我正在尝试使用预取创建一个 Snakemake 管道，从 SRA 下载大量 fastq 文件并生成 bam 文件。尽管是

snakemake

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Snakemake：使用临时公共数据时，mtime 重新运行触发器强制重新运行之前已完成的步骤

我的工作流程分支如下： A -> 温度(B) -> C ... A -> 温度(B) -> D 因此，当我想在 C 之后生成 D 时，它会重新生成 B，但通过这样做，我的工作流程会认为 C 需要重新运行

snakemake

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Snakemake 输出中的不同路径

我想知道，我有两条几乎相同的规则。有没有办法将 Snakemake 中的它们合并成一个规则？规则标签：输入：lambda 通配符：get_predict_data(datadir, wildcards.da...

snakemake

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