snakemake-slurm 相关问题


展开列以查看 Slurm 中的完整作业名称

是否可以扩展SLURM中命令sacct的JobName列中使用的字符数? 例如,我目前有: JobID JobName 已用 NCPUS NTasks ...


带有 SLURM 的 Conda 环境

我正在尝试在 SLURM 集群上的 conda 环境中执行 python 脚本。到目前为止,我在网上找到的任何建议都无法解决我的问题。我设置了 conda 环境并安装了所有必需的...


检查点规则中缺少通配符 - Snakemake

我有一个检查点,导致未知数量的文件,需要在执行后重新评估 DAG。我想通过染色体并行化命令来加速它。因此,在重新评估之后...


Snakemake 在其他规则中重用规则的好方法

我想在 Snakefile 中创建一个可以调用其他规则的规则。 例如,我想创建一个规则 re 来调用 clean 和 after, all。 以下是该文件的 Makefile 版本: .PHONY=一切干净...


在SLURM中,lscpu和slurmd -c不匹配。所以资源无法使用

当我检查代码“lscpu”时,它显示 架构:x86_64 CPU 操作模式:32 位、64 位 地址大小:45 位物理地址,48 位虚拟地址 字节...


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