Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。
我有一个模棱两可的错误，我不知道为什么以及如何解决。定义通配符：全部规则：输入：xls = expand（“ reports / {sample} .xlsx”，sample = config [“ samples”]），...
即使正确完成，Snakemake检查点也会抛出（退出代码为非零）
我当前正在运行一个snakemake检查点，即使正确完成命令后，该检查点似乎仍在抛出非零退出代码，并且不确定如何解决该问题。 ...
使用snakemake中的expand（）函数多次执行shell命令
我想在snakemake的帮助下对不同的输入文件多次执行R脚本。为此，我尝试使用expand函数。我对蛇术还比较陌生，当我...
Snakemake要求规则使用非零退出代码退出，即使使用“ ||真正的”？
[snakemake管道断言，每当我运行任何规则时，我的代码都会引发非零的退出代码，即使如果我手动运行相同的确切代码，我的代码也会返回错误代码0，并且可以正常工作...
下面是我的snakemake代码，如果我不注释掉第28,29行代码，这是规则全部->输入->第1、2nd命令行，那么我无法获取最后一条规则varscan_somatic，即例如，空运行输出...
snakemake.remote.EGA：NameError：未定义名称'self'
我想使用snakemake实用程序（5.6.0）使用EGA上存储的文件。首先，我想尝试使用官方文档中编写的代码，所以我尝试了以下操作：将snakemake.remote.EGA导入为EGA ...
我使用snakemake并行处理8个文件（fastq）。然后，对每个文件进行解复用，然后对由每个文件生成的解复用文件执行并行处理，并使用...
来自文档：https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/executable.html当前，此模式要求Snakemake工作流存储在git存储库中。 Snakemake使用git查询...
我想运行下面的shell命令shell： “” “RSCRIPT -e” rmarkdown ::渲染（ '{} input.markdown'，OUTPUT_DIR = '输出/ {wildcards.version}'，则params =名单（数据路径=”。 ./data/{wildcards ....
干运行的工作流语言的一个超级重要的功能。主要是，如果我运行命令你会被执行，这正是一个看到运行make -n当我在看。 ...
我试图设计使用snakemake生物信息学管道，但我不能够同时执行的程序。我已经确定，我所有的规则运行，当我尝试单独运行它们。 ...
编辑：我要补充一点，这个问题基本上是正是我问：如何Snakemake表格配置中使用列表，为生物信息学管道的测序单位介绍...
我在snakemake运行HDBSCAN集群的规则。以前它是定期DBSCAN和工作正常，但我修改后，莫名其妙的问题开始（我也修改Snakemake文件...
我想这是一个反复出现的问题，在snakemake v5.1之后看到几个线程，但无法弄清楚出了什么问题。请帮助。规则全部：输入：[OUT_DIR +“/”+ x for x in expand（'{...
我想在snakemake中编写一个管道，从config.yaml获取输入文件，运行命令，并将输出写入原始文件名+新后缀下的当前目录。 Snakefile ......
我对其中一条规则的输出要求相当复杂。我在CSV文件（samples.csv）中有样本，其中嵌套信息如下：region，run_id，sample_id A，1,150 A，3,111 A，3,145 A，3，...
我在macOS High Sierra 10.13.3上工作。我的shell是bash。当我输入时，echo {1,2} {3,4}我得到：13 14 23 24.是否可以选择只获得13 24？我有兴趣创建两个文件，其中两个...
我有一组文件，将单独处理以生成多个文件。在运行时之前究竟有多少文件是未知的。 （如果重要的话，这是DNA解析结果的解复用。）......
我正在使用snakemake v 5.4.0，我遇到了temp（）的问题。在假设情景中：规则A - >规则B1 - >规则C1 | - >规则B2 - >规则C2，其中规则A ......
我有一个问题，弄清楚如何使输入指令只选择下面规则中的所有{samples}文件。规则MarkDup：input：expand（“Outputs / MergeBamAlignment / {samples} _ {lanes} _ {...